Yazdır

Yoğun Bakım Ünitesinde Yatan Hastaların İdrarlarından İzole Edilen Candida Türlerinin
Moleküler Epidemiyolojisi ve Antifungal Duyarlılıkları*

Molecular Epidemiology and Antifungal Susceptibility of Candida Species Isolated from
Urine Samples of Patients in Intensive Care Unit

Şerife YÜKSEKKAYA, Duygu FINDIK, Uğur ARSLAN

Selçuk Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Konya.

Selçuk University Meram Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Konya, Turkey.

* Bu çalışma Selçuk Üniversitesi Bilimsel Araştırma Proje Koordinatörlüğü tarafından desteklenen (BAP Proje No: 07102020) proje kapsamında gerçekleştirilmiştir.

ÖZET

Bu çalışmada, yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrar kültürlerinden izole edilen Candida (Candida albicans, Candida glabrata, Candida tropicalis) suşlarının moleküler epidemiyolojik analizinin yapılması ve amfoterisin B ve flukonazole karşı antifungal duyarlılıklarının saptanması amaçlanmıştır. İzolatların tanımlanması germ tüp testi, mısır unlu agar besiyerindeki mikroskopik morfoloji (klamidospor, blastospor, artrospor, yalancı hif ve gerçek hif) ve karbonhidrat asimilasyon testleri (API ID 32C bioMérieux, Fransa) kullanılarak yapılmıştır. Suşların amfoterisin B ve flukonazole karşı antifungal duyarlılığı, "Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI)" kriterlerine göre mikrodilüsyon yöntemi ile araştırılmıştır. Suşlar arasındaki klonal ilişkiyi araştırmak için Cnd3 primeri kullanılarak RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) analizi uygulanmıştır. Amfoterisin B için 56 Candida suşunun mikrodilüsyon yöntemi ile minimum inhibitör konsantrasyonu (MİK) aralıkları, MİK50 ve MİK90 değerleri sırasıyla, C.albicans için 0.125-1 µg/ml, 0.125 ve 0.5 µg/ml, C.tropicalis'te 0.125-1 µg/ml, 0.25 ve 1 µg/ml, C.glabrata'da 0.125-1 µg/ml, 0.25 ve1 µg/ml olarak bulunmuştur. Flukonazol için MİK aralıkları, MİK50 ve MİK90 değerleri sırasıyla; C.albicans'ta 0.25-4 µg/ml, 0.25 ve 0.5 µg/ml, C.tropicalis'te 0.25-16 µg/ml, 0.5 ve 1 µg/ml, C.glabrata'da 0.5-64 µg/ml, 8 ve 16 µg/ml olarak saptanmıştır. İzolatların hiçbiri amfoterisin B için yüksek (MİK > 1 µg/ml) MİK değerine sahip bulunmamıştır. Bir C.glabrata izolatı flukonazole dirençli (MİK ≥ 64 µg/ml) iken bir C.tropicalis ve iki C.glabrata izolatı flukonazole doza bağımlı duyarlı (MİK: 16-32 µg/ml) bulunmuştur. RAPD analizi sonuçları C.albicans için iki klondan, C.glabrata ve C.tropicalis için ise tek bir klondan ekzojen yayılım olduğunu göstermiştir. Sonuç olarak, yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalardan alınan klinik örnekler ile çevresel örneklerin birlikte epidemiyolojik analizinin yapılarak ekzojen odağın tespit edilmesinin, hastane enfeksiyonlarını ve hastalarda morbidite ve mortalite oranlarını azaltması açısından önemli olduğu düşünülmüştür.

Anahtar sözcükler: Candida türleri; antifungal duyarlılık; RAPD; moleküler epidemiyoloji; idrar örneği.

ABSTRACT

The aims of this study were to analyse the amphotericin B and fluconazole susceptibility and molecular epidemiology of Candida strains (Candida albicans, Candida tropicalis and Candida glabrata) isolated from the urine samples of patients hospitalized in the intensive care unit. Identification of the isolates was done according to microscopic morphology (chlamydospor, blastospor, pseudohyphae and true hyphae) on cornmeal agar, germ tube formation and carbohydrate assimilation patterns (API ID 32C bioMérieux, France). Antifungal susceptibilities of the isolates were determined by in vitro broth microdilution method recommended by Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). To investigate the clonal relationship of the isolates, randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis was performed by using Cnd3 primer. Of the 56 Candida isolates minimum inhibitory concentration (MIC) ranges, MIC50 and MIC90 values for amphotericin B were 0.125-1 µg/ml, 0.125 and 0.5 µg/ml for C.albicans, 0.125-1 µg/ml, 0.25 and 1 µg/ml for C.tropicalis and 0.125-1 µg/ml, 0.25 and 1 µg/ml for C.glabrata, respectively. Fluconazole MIC ranges, MIC50 and MIC90 values were 0.25-4 µg/ml, 0.25 and 0.5 µg/ml for C.albicans, 0.25-16 µg/ml, 0.5 and 1 µg/ml for C.tropicalis and 0.5-64 µg/ml, 8 and 16 µg/ml for C.glabrata, respectively. For amphotericin B, none of the isolates had high MIC values (MIC > 1 µg/ml). While one of the C.glabrata isolates was resistant to fluconazole (MIC ≥ 64 µg/ml), one C.tropicalis and two C.glabrata isolates were dose-dependent susceptible (MIC: 16-32 µg/ml). The results of RAPD analysis indicated an exogenous spread from two clones for C.albicans, one clone for C.glabrata and one clone for C.tropicalis. This study underlines the importance of molecular epidemiological analysis of clinical samples together with hospital environmental samples in terms of Candida spp. to determine the exogenous origin for the related strains and to prevent nosocomial Candida infections.

Key words: Candida spp.; antifungal sensitivity; RAPD; molecular epidemiology; urine sample.

Geliş Tarihi (Received): 27.05.2010 • Kabul Ediliş Tarihi (Accepted): 23.09.2010

GİRİŞ

Candida türleri doğada yaygın olarak bulunan ve hem yüzeyel hem de derin enfeksiyonlara neden olabilen maya mantarlarıdır. Yüzeyel enfeksiyonlar çoğunlukla toplum kökenli iken, derin sistemik enfeksiyonlar nozokomiyal kaynaklıdır. Nozokomiyal mantar enfeksiyonları açısından en riskli grubu yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalar oluşturur1,2.

İdrarda Candida varlığı (kandidüri), kontaminasyon, kolonizasyon veya enfeksiyonun bir belirtisi olabilir; ancak kolonizasyonu enfeksiyondan ayırt edebilecek güvenilir bir yöntem henüz yoktur. Candida tropicalis, Candida glabrata gibi albicans dışı türler sıklıkla idrardan izole edilseler de Candida albicans hala en sık görülen türdür. İleri yaş, kadın cinsiyet, uzun süre hastanede yatış, diabetes mellitus, total parenteral beslenme, mekanik ventilasyon, antimikrobiyal ilaç kullanımı ve üriner kateter gibi risk faktörleri kandidüri ile yakından ilişkilidir. Akut ve kronik ciddi hastalığı olan, özellikle üriner sistemde tıkanıklık bulunan hastalarda kandidüri, sistemik kandidiyaz için risk oluşturabilir ve kandideminin önemli bir belirteci olabilir. Asemptomatik kandidürinin sıklıkla yaşlı debil hasta grubunda mortalite açısından bir risk göstergesi olduğunu bildiren çalışmalar mevcuttur3,4,5.

Yoğun bakım üniteleri gibi riskli hastaların yattığı birimlerde, endemik enfeksiyonların 1/3‘ünden fazlası çapraz bulaşmayla meydana gelmektedir; kontrol önlemlerinin yetersizliği halinde bu oran daha da yükselir. Moleküler yöntemler, hastane enfeksiyonu etkenlerinin bulaş yollarını ortaya çıkarmak için, klonal ilişkinin varlığı ya da yokluğunu belirleyerek enfeksiyonların yayılımının takibine önemli katkı sağlar6.

Bu çalışmada Selçuk Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Hastanesi Yoğun Bakım Ünitesinde yatan hastaların idrar kültürlerinden izole edilen C.albicans, C.glabrata, C.tropicalis suşlarının moleküler epidemiyolojik analizinin yapılması ve amfoterisin B ve flukonazole karşı antifungal duyarlılıklarının saptanması amaçlanmıştır.

GEREÇ ve YÖNTEM

Çalışmaya, Selçuk Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Hastanesi Yoğun Bakım Ünitesinde Temmuz 2006-Haziran 2008 tarihleri arasında yatan 46 hastanın idrar kültürlerinden izole edilen 56 Candida suşu alındı. İzolatların tür düzeyinde tanımlanması, germ tüp testi, mısır unlu agar besiyerindeki mikroskopik morfoloji (klamidospor, blastospor, artrospor, yalancı hif ve gerçek hif) ve karbonhidrat asimilasyon testleri (API ID 32C, bioMérieux, Fransa) kullanılarak yapıldı. Suşlar moleküler tanımlama ve antifungal duyarlılık testi yapılıncaya kadar %20 gliserollü beyin kalp infüzyon besiyerinde -20°C'de saklandı.

Çalışmaya alınan Candida kökenlerinin amfoterisin B ve flukonazole karşı antifungal duyarlılık testi, "Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI)" M27-A2 standartlarına uygun olarak mikrodilüsyon yöntemi ile araştırıldı7. MOPS ile tamponlanan RPMI 1640 (L-glutaminli, sodyum bikarbonatsız; Sigma-Aldrich, ABD) besiyeri kullanıldı. Amfoterisin B (MP Biomedicals, Fransa) ve flukonazol (Pfizer, ABD) toz halde ticari olarak elde edildi. Antifungal (final) test konsantrasyonları amfoterisin B için 0.0313-16 µg/ml, flukonazol için 0.125-64 µg/ml olacak şekilde seri dilüsyonları hazırlandı. Doksan altı kuyucuklu mikroplağın 1-10. kuyucuklarına dilüsyon sırasına uyularak 100'er µl dağıtıldı. Üzeri steril kapak ile kapatılarak kullanılıncaya kadar -70°C'de saklandı.

Antifungal duyarlılık testi için -20°C'de saklanan Candida suşlarının Sabouraud dekstroz agara (SDA) iki kez ardışık pasajı yapıldı. İnokülum, SDA'da 35°C'de üretilen 24 saatlik kolonilerden hazırlandı. İnokülum süspansiyonu başlangıçta 0.5 McFarland olacak şekilde ayarlandıktan sonra 50 µl süspansiyon 2450 µl RPMI 1640 ile 1/50 dilüe edildi. 1/50 inokülum dilüsyonundan 150 µl alınarak 2850 µl RPMI 1640 ile ikinci kez 1/20'lik bir dilüsyon daha yapıldı. Mikrodilüsyon plaklarının daha önce hazırlanan 100 µl ilaç dilüsyonu içeren kuyucuklarına 100 µl hazırlanan inokülum süspansiyonundan eklendi. Her plak için bir sterilite kontrolü (yalnız 200 µl besiyeri) ve bir üreme kontrolü (100 µl inokülum süspansiyonu ve 100 µl besiyeri) olmak üzere iki sıra ilaçsız kontrol kuyucuğu kullanıldı. Mikrodilüsyon plakları 35°C'de 48 saat inkübe edildi. İnkübasyon sonrası gözle değerlendirilerek, her bir kuyucuktaki üreme, kontrol kuyucuğuyla karşılaştırıldı. Amfoterisin B için üremenin olmadığı en düşük antifungal konsantrasyonu, flukonazol için ise üremenin belirgin (yaklaşık %50) olarak azaldığı antifungal konsantrasyonu, minimum inhibitör konsantrasyonu (MİK) değeri olarak kabul edildi. CLSI'nın M27 A2'de önerdiği gibi flukonazol için MİK değeri ≤ 8 µg/ml ise duyarlı, 16-32 µg/ml ise doza bağımlı duyarlı, ≥ 64 µg/ml ise dirençli olarak bildirildi. Amfoterisin B'nin sınır değeri (breakpoint) belirlenmediği için MİK değerleri direnç durumu belirtilmeden rapor edildi. Kontrol suşu olarak Candida parapsilosis ATCC 22019 kullanıldı.

Suşların klonal olarak ilişkili olup olmadığını saptamak için epidemiyolojik tiplendirme amacıyla RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) yöntemi uygulandı. Örneklerden DNA izolasyonu, Otlu ve Durmaz'ın8 tarif ettiği protokole göre yapıldı. RAPD-polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), yine Otlu ve Durmaz8 tarafından standardize edilmiş protokol ile Ergon ve arkadaşlarının9 önerdiği Cnd3 primeri kullanılarak uygulandı. Amplifikasyon, GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystem; ABD) cihazı ile yapıldı. Amplifikasyon ürünleri Tris-borat-EDTA tamponu içinde %2'lik agaroz jelde elektroforez ile ayrıldı ve etidyum bromür ile boyanarak görüntüleme cihazında (Kodak Gel Logic 200 Imaging System) incelendi. Amplifikasyon sonucunda jel elektroforezinde gözlenen, her bir izolata ait bant profilleri birbirleriyle karşılaştırıldı. Aynı bant profili gösteren izolatlar epidemiyolojik olarak ilişkili kabul edildi.

Her antifungal için elde edilen MİK değerlerinde türler arasında fark olup olmadığını belirlemek için Kruskal-Wallis testi uygulandı. Bu testin sonucunun anlamlı çıktığı durumlarda, aradaki farkın hangi türler arasında olduğunu belirlemek için ikincil test olarak Bonferroni düzeltmeli Mann-Whitney testi kullanıldı. Kruskal-Wallis testinde p< 0.05, Bonferroni düzeltmeli Mann-Whitney testinde ise p< 0.017 değeri anlamlı kabul edildi.

BULGULAR

Çalışmaya alınan 56 Candida suşunun 22'si C.albicans, 19'u C.glabrata ve 15'i C.tropicalis olarak tanımlanmıştır. Candida suşlarının amfoterisin B ve flukonazol için MİK aralıkları, MİK50 ve MİK90 değerleri Tablo I'de verilmiştir. Yapılan istatistiksel değerlendirmede, amfoterisin B'nin MİK değerlerinde, türler arasında önemli fark olduğu saptanmış (p< 0.05); bu farkın C.glabrata ile C.albicans arasındaki farktan kaynaklandığı tespit edilmiştir (p< 0.017). Benzer olarak flukonazol MİK değerlerinde de türler arasında önemli fark olduğu belirlenmiş (p< 0.05); bu farkın C.glabrata ile diğer türler arasındaki farktan kaynaklandığı saptanmıştır (p< 0.017).


Tablo I

Flukonazol için C.albicans suşlarının tümü (%100) duyarlı, C.glabrata suşlarının 16 (%84.2)'sı duyarlı, 2 (%10.5)'si doza bağımlı duyarlı, 1 (%5.2)'i dirençli ve C.tropicalis suşlarının 14 (%93.3)'ü duyarlı, 1 (%6.7)'i doza bağımlı duyarlı olarak saptanmıştır.

RAPD analizi sonucunda her bir suş için elde edilen bantlar, diğer izolatlara ait bantlar ile karşılaştırılarak paternleri belirlenmiştir. Farklı paternler farklı harflerle gösterilmiş; alt grup paternler ise paterne ait harfin numaralandırılması şeklinde ifade edilmiştir. Buna göre C.albicans izolatlarında A ve B olmak üzere iki adet ana patern belirlenmiştir. A paterni A (n= 3), A1 (n= 8) ve A2 (n= 1) olarak toplam 12 suşta tespit edilmiştir. B paterninde ise B (n= 1), B1 (n= 4), B2 (n= 1), B3 (n= 2), B4 (n= 1) ve B5 (n= 1) olmak üzere altı varyant saptanmıştır. C.albicans suşları arasında iki yaygın klon ve varyantları belirlenmiştir. Diğer moleküler tiplendirme yöntemleri ile doğrulanması gerekmekle birlikte RAPD sonucuna göre iki klonun egemen olduğu gözlenmiştir (Resim 1).


Resim 1

C.glabrata ve C.tropicalis türlerinde de yaygın bir klonun varyantlarının bulunduğu gösterilmiştir. C.glabrata suşlarında A (n= 2), A1 (n= 16), A2 (n= 1) olmak üzere üç varyanta sahip tek bir paternin bulunduğu görülmüştür. Bunlar arasında en yaygın olan A1 profili olarak saptanmıştır. C.tropicalis suşları için de A (n= 1), A1 (n= 12), A2 (n= 2) olmak üzere üç alt grup paterni belirlenmiştir (Resim 2, 3).


Resim 2


Resim 3

C.albicans, C.glabrata ve C.tropicalis suşlarının izolasyon tarihi, RAPD paternleri ve MİK değerleri Tablo II, III ve IV'te verilmiştir.


Tablo II


Tablo III


Tablo IV

TARTIŞMA

İdrardan Candida türlerinin izole edilmesi, tedavi gerektirmeyen basit bir kolonizasyon olabileceği gibi, tedavi gerektiren alt üriner sistem enfeksiyonu, piyelonefrit ve renal kandidiyaz gibi üst üriner sistem enfeksiyonunu da gösterebileceği için klinik olarak önemlidir10. Morera ve arkadaşları11 ile Alvarez-Lernma ve arkadaşlarının12 çalışmalarında, yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların idrarlarından en sık C.albicans izole edilmiş, bunu sırasıyla C.glabrata ve C.tropicalis izlemiştir. Bizim çalışmamızda da C.albicans en sık, C.glabrata ikinci sıklıkta, C.tropicalis ise üçüncü sıklıkta saptanmıştır.

Son yıllarda mantar hastalıklarının sıklığının giderek artması ve ampirik antifungal kullanımının yaygınlaşması, dirençli mantar suşlarının ortaya çıkmasına ve direnç oranlarının artmasına neden olmaktadır. Bu nedenle uygun ve etkin antifungal tedavinin seçiminde in vitro antifungal duyarlılık testlerine gereksinim artmaktadır. Sistemik kandidiyaz, aspergilloz, mukormikoz, kriptokokoz, koksidiomikoz ve dissemine histoplazmoz tedavisinde en sık tercih edilen ilaç olan amfoterisin B'nin 40 yıldan uzun süredir kullanılıyor olmasına rağmen, sekonder direnç gelişiminin sorun olmaması, ilacın fungustik aktivitesine bağlıdır. Candida'lar membran ergosterol içeriğini azaltarak ya da ergosterol bağlanma noktasını değiştirerek amfoterisin B'ye karşı direnç geliştirebilirler13. Amfoterisin B için Candida türlerinin hepsinde elde edilen MİK değerleri benzer ve MİK aralığı dar olduğu için in vitro referans duyarlılık testleri ile suşların direncinin belirlenmesi zordur14. Çeşitli çalışmalarda idrardan izole edilen C.albicans, C.glabrata ve C.tropicalis suşlarında saptanan amfoterisin B MİK aralıkları, MİK50 ve MİK90 değerleri Tablo V'te görülmektedir9,15,16,17. Çalışmamızda C.albicans suşlarında dar bir MİK aralığı (0.125-1 µg/ml) saptanırken MİK50 ve MİK90 değerleri 0.125 ve 0.5 µg/ml olarak saptanmıştır. C.tropicalis suşlarında C.albicans ile aynı MİK aralığı (0.125-1 µg/ml) bulunurken MİK50 ve MİK90 değerleri ise sırasıyla 0.25 ve 1 µg/ml olarak saptanmıştır. İzolatlarımızın %34'ünü oluşturan C.glabrata suşlarında amfoterisin B için MİK aralığı 0.125-1 µg/ml, MİK50 ve MİK90 değerleri 0.25 ve 1 µg/ml olarak tespit edilmiştir (Tablo I). Çalışmamızda C.tropicalis ve C.glabrata için C.albicans'a göre daha yüksek MİK değerleri saptanmış ve C.glabrata ile C.albicans arasındaki farkın istatistiksel olarak anlamlı olduğu belirlenmiştir.


Tablo V

Lanosterolün ergosterole dönüşümünden sorumlu olan 14-α-demetilazı inhibe ederek etki eden azollerin en önemli sorunu, direnç gelişimidir. Direnç mekanizmaları efluks pompası ile ilacın dışa atılması yanında, 14-α-demetilazın değişimi ya da yapımında artış meydana gelmesidir13. Candida türlerinin flukonazole in vitro duyarlılık profili belirli bir dağılım gösterir. Dolayısıyla tür tanımlaması yapıldığı zaman, flukonazole duyarlı olup olmadığı tahmin edilebilir. Ancak hemen her tür içerisinde bu kuralın dışında kalan suşlar da bulunabilir. Candida krusei suşlarında flukonazole intrensek direnç olduğu saptanmıştır. C.glabrata da genellikle yüksek MİK değerlerine sahiptir18. Bu ilaca kazanılmış direnç ise başta C.albicans olmak üzere C.tropicalis, C.parapsilosis, Candida kefyr gibi çeşitli Candida türlerinde gözlenmiştir14,18. Candida suşları için saptanan flukonazol MİK değerleri, amfoterisin B'nin aksine geniş bir aralıkta dağılım göstermekte ve dirençli-duyarlı suşların birbirinden ayrımına olanak sağlamaktadır14. Çeşitli çalışmalarda idrardan izole edilen C.albicans, C.glabrata ve C.tropicalis suşlarında saptanan flukonazol MİK aralıkları, MİK50 ve MİK90 değerleri Tablo VI'da verilmiştir9,15,16,17,19. Bizim çalışmamızda C.albicans suşlarının flukonazol MİK aralığı 0.25-4 µg/ml, MİK50 ve MİK90 değerleri ise sırasıyla 0.25 ve 0.5 µg/ml olarak bulunmuştur. Albicans dışı Candida'lar intrensek olarak flukonazole daha dirençlidirler. İdrardan üçüncü sıklıkta izole ettiğimiz C.tropicalis suşlarında MİK aralığı, MİK50 ve MİK90 değerleri sırasıyla 0.25-16 µg/ml, 0.5 ve 1 µg/ml olarak bulunmuştur. C.glabrata suşları ise flukonazol için genellikle yüksek MİK değerlerine sahiptir ve bizim çalışmamızda da MİK aralığı, MİK50 ve MİK90 değerleri 0.5-64 µg/ml, 8 ve 16 µg/ml olarak saptanmıştır. Çalışmamızda, flukonazol için bir C.tropicalis ve iki C.glabrata suşu doza bağımlı duyarlı (MİK: 16-32 µg/ml), bir C.glabrata suşu ise dirençli (MİK ≥ 64 µg/ml) olarak bulunmuştur.


Tablo VI

Gerek amfoterisin B gerekse flukonazol için MİK aralığı, MİK50 ve MİK90 değerleri için çalışmalar arasındaki farkın; ülkeler ve hastaneler arasında antifungal kullanımında ve enfeksiyon kontrol stratejilerindeki farklılıklardan ve çalışmalardaki farklı örnek sayılarından kaynaklandığı düşünülmüştür.

Hastane enfeksiyonlarında, enfeksiyonu önlemek ve kontrol stratejileri geliştirmek için izolatların ve kaynağının epidemiyolojik olarak tanımlanması önemlidir. Genotipik düzeyde tiplendirme yapan yöntemler, Candida gibi fenotipik yöntemlerle epidemiyolojik olarak değerlendirmesi zor olan mikroorganizmalar için önemli avantajlar sağlar. Fenotipik bir yöntem olan antifungallere karşı duyarlılık paternlerinin karşılaştırılması, nozokomiyal Candida enfeksiyonlarının değerlendirilmesinde sınırlı bir fonksiyona sahiptir. Etkili bir moleküler yöntem, aynı suşu bağımsız izolatlar içerisinde tanıyabilmeli, ilişkili izolatları kümeleştirmeli ve tamamen ilişkisiz izolatları ayırt edebilmelidir. Bütün bu kriterleri sağlayan günümüzde mevcut bir yöntem yoktur. Fungal enfeksiyonların moleküler epidemiyolojik analizi için RFGE (Rotating-Field Gel Electrophoresis), RAPD, MLST (Multilocus sequence typing) ve mikrosatellit analizi gibi yöntemler kullanılabilir20. Bu yöntemlerden RAPD analizi, kolay uygulanabilir olması ve kısa sürede sonuç vermesi gibi özellikleri nedeniyle diğer yöntemlere göre daha avantajlıdır. Ancak bu yöntemin, sadece laboratuvarlar arası değil, aynı laboratuvar içinde dahi tekrarlanabilirliğinin düşük olması bir dezavantajdır17,20. Standardizasyonu sağlamak için, aynı termal döngü cihazında, standart bir amplifikasyon protokolüyle uygulanmalı, tüm izolatlar birlikte çalışılmalıdır21. Bu dezavantajına rağmen, RAPD analizinin Candida izolatlarında ayırım gücü ve tiplendirme etkinliği yüksektir9,17,20.

Endojen Candida enfeksiyonları, hastanın gastrointestinal sistem, vajen ve deri gibi floralı bölgelerinde fizyolojik koşullarının farklılaşması ve mantarların kolonize olması ile gelişir20,22. Son zamanlarda genotipik yöntemlerin kullanımının artmasıyla, endojen enfeksiyonlardan daha az yaygın olmasına rağmen, ekzojen enfeksiyonlar da dikkat çekmeye başlamıştır20. Yapılan çalışmalarda, yoğun bakım hastalarında, mikozların sadece endojen kaynaklı olmadığı, hastadan hastaya veya sağlık personelinden hastaya geçebildiği epidemiyolojik çalışmalarla gösterilmiştir2. Ergon ve arkadaşları9, C.albicans ile meydana gelen enfeksiyonların sıklıkla endojen kaynaklı olduğunu saptamışlar, C.glabrata ve C.tropicalis izolatlarında ise yetersiz bant elde ettikleri için suşların yayılımı konusunda yorum yapamamışlardır. Bir başka çalışmada, bir yıllık sürede idrardan izole edilen C.glabrata suşları genetik olarak farklı bulunmuş ve sonuç olarak endojen kazanımın çapraz enfeksiyondan daha yaygın olduğu belirtilmiştir19. İzmir'de yapılan bir araştırmada, C.albicans suşlarının RAPD analizinde izolatların çoğunlukla endojen kaynaklı olduğu düşünülmüş; ancak klonal ilişkili bazı suşların farklı hastalardan ve yakın tarihlerde izole edilmesi nedeniyle ekzojen yayılım olasılığının da gözardı edilmemesi gerektiği vurgulanmıştır20. C.tropicalis'in etken olduğu idrar yolu enfeksiyonu salgınının moleküler epidemiyolojisi, Han ve arkadaşları23 tarafından RAPD analizi kullanılarak araştırılmış; yoğun bakım ünitesindeki hastalardan izole edilen C.tropicalis suşlarının tümünde aynı bant paternleri tespit edilmiş ve bütün suşların aynı klondan kaynaklandığı sonucuna varılmıştır.

Çalışmamızda hastanemiz reanimasyon yoğun bakım ünitesinde yatan 46 hastanın idrar kültürlerinden izole edilen C.albicans, C.glabrata ve C.tropicalis suşlarının, RAPD analizi ile moleküler epidemiyolojik incelemesi yapılmıştır. C.albicans izolatlarında A ve B olmak üzere iki adet ana patern belirlenmiş; toplam 12 suşta A, A1 ve A2 paterni bulunmuş, B paterninde ise B, B1-5 olmak üzere altı varyant saptanmıştır (Tablo II). C.albicans suşları arasında iki yaygın klon ve varyantları belirlenmiştir. Diğer moleküler tiplendirme yöntemleri ile doğrulanması gerekmekle birlikte RAPD sonucuna göre iki klonun egemen olduğu gözlenmiştir. Bir RAPD tipinin farklı varyantlarının bulunması ise, klonların uzun süredir var olduğunu ve zaman içinde farklılaştığını gösteren bir bulgu olarak kabul edilebilir. C.glabrata suşlarında üç varyanta sahip tek bir RAPD tipi belirlenmiş olup, bu patern, A, A1 ve A2 olmak üzere üç varyanta sahiptir (Tablo III). C.tropicalis suşları için de yine yaygın bir RAPD tipinin ve varyantlarının (A, A1, A2) bulunduğu gösterilmiştir (Tablo IV).

Paternlerin incelemesi sonucunda C.albicans için iki klondan, C.glabrata ve C.tropicalis için ise tek bir klondan ekzojen yayılım olduğu düşünülmüştür. Ekzojen kaynak olarak; sağlık personelinin eli, kontamine tıbbi araç-gereçler ve kirli çevresel yüzeydeki mikroorganizmalar sayılabilir. Hastane enfeksiyonları için çok yüksek riskli yerler olarak tanımlanan yoğun bakım ünitelerinde, istenen temizlik standartları kritik önem taşımaktadır. Bu alanlarda sık ve etkin temizlik yapılmalıdır. Hastalara zorunlu olmadıkça aletli girişimler (sonda, kateter vb.) uygulanmamalı, eğer uygulanacaksa steril şartlarda ve deneyimli kişiler tarafından yapılmalı, kullanım süreleri olabildiğince kısa tutulmalıdır. Hastalardan alınan çeşitli klinik örneklerle, çevresel örneklerin birlikte epidemiyolojik analizinin yapılarak ekzojen odağın tespit edildiği daha ileri çalışmalar planlanmalıdır. Hastane enfeksiyonlarını azaltmak için, ekzojen kaynağın tespiti ve alınan önlemlerle enfeksiyon zinciri kırılarak önemli bir adım atılmış olacaktır.

TEŞEKKÜR

RAPD paternlerinin değerlendirilmesinde emeği geçen Adnan Menderes Üniversitesi, BİLTEM Epidemiyoloji Birimi Öğretim Üyesi Doç. Dr. Bülent Bozdoğan'a teşekkür ederiz.

KAYNAKLAR

  1. Tümbay E. Candida türleri, s: 1081-6. Ustaçelebi Ş (ed), Temel ve Klinik Mikrobiyoloji. 1999. Güneş Kitabevi, Ankara.
  2. Ener S, Ener B, Akalın H. Uzun süren operasyonlardan sonra yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalarda gelişen invaziv kandida enfeksiyonları. Ege Tıp Derg 2001; 40(3): 185-9. [Özet] [PDF]
  3. Passos XS, Sales WS, Maciel PJ, et al. Candida colonization in intensive care unit patients' urine. Mem Inst Oswaldo Cruz 2005; 100(8): 925-8. [Özet]
  4. Köksal İ. Nozokomiyal üriner sistem enfeksiyonlarının tedavisi. Klimik Dergisi 2000; 13(Özel Sayı 1): 21-2.
  5. Akalın H. Kandidemilerde risk faktörleri ve risk değerlendirmesi. ANKEM 2008; 22(Ek 2): 270-4. [PDF]
  6. Öztürk R. Hastane enfeksiyonları kontrolünde moleküler mikrobiyoloji metotlarının önemi. IV. Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji Kursu, 3-7 Eylül 2007, Malatya. Kurs Kitabı, s: 64-75.
  7. National Committee for Clinical Laboratory Standards. Reference method for broth dilution antifungal susceptibility testing of yeasts. Approved Standard. Document M27-A2. 2002, 2nd ed. NCCLS/CLSI, Wayne, Pennsylvania.
  8. Otlu B, Durmaz R. Farklı bakteri ve mantar türlerinin alt tiplendirmesi için ortak bir ‘'Arbitrarily Primed‘' polimeraz zincirleme reaksiyonu protokolü. IV. Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji Kursu, 3-7 Eylül 2007, Malatya. Kurs Kitabı, s: 208-13.
  9. Ergon MC, Gülay Z. Molecular epidemiology of Candida species isolated from urine at an intensive care unit. Mycoses 2005; 48(2): 126-31. [Özet]
  10. Lundstrom T, Sobel J. Nosocomial candiduria: a review. Clin Infect Dis 2001; 32(11):1602-7. [Özet] [Tam Metin] [PDF]
  11. Morera Y, Torres-Rodriguez JM, Catalan I, et al; Grup de Recerca en Micologia Experimental i Clínica (GREMEC). Candiduria in patients with urethral catheter admitted in intensive care unit. Etiology and in vitro susceptibility to fluconazole. Med Clin (Barc) 2002; 118(15): 580-2. [Özet]
  12. Alvarez-Lernma F, Nolla-Salas J, Leon C, et al; EPCAN Study Group. Candiduria in critically ill patients admitted to intensive care medical units. Intensive Care Med 2003; 29(7): 1069-76. [Özet]
  13. Usluer G. Antifungal İlaçlar, s: 147-57. Ulusoy S (ed), Önemli ve Sorunlu Fungal Enfeksiyonlar. 2006. Bilimsel Tıp Yayınevi, Ankara.
  14. Arıkan S. Candida enfeksiyonlarının tedavisinde duyarlılık testlerinin önemi. Candida Mikrobiyolojisi ve Enfeksiyonları Sempozyumu, 21-22 Haziran 2002, Eskişehir. Sempozyum Kitabı, s: 161-7.
  15. Febre N, Silva V, Medeiros EA, Wey SB, Colombo AL, Fischman O. Microbiological characteristics of yeasts isolated from urinary tracts of intensive care unit patients undergoing urinary catheterization. J Clin Microbiol 1999; 37(5): 1584-6. [Özet] [Tam Metin] [PDF]
  16. Baran J Jr, Klauber E, Barczak J, Riederer K, Khatib R. Trends in antifungal susceptibility among Candida sp. urinary isolates from 1994 and 1998. J Clin Microbiol 2000; 38(2): 870-1. [Özet] [Tam Metin] [PDF]
  17. Gulay Z, Ergon C, Ozkutuk A, Yucesoy M, Bicmen M. Molecular epidemiologic surveillance and antifungal agent sensitivity of Candida albicans isolated from anesthesia intensive care units. Mikrobiyol Bul 2002; 36(3-4): 309-16. [Özet] [PDF]
  18. İnci R. Antifungal ilaçlar, s: 1155-8. Ustaçelebi Ş (ed), Temel ve Klinik Mikrobiyoloji. 1999. Güneş Kitabevi, Ankara.
  19. Schwab U, Chernomas F, Larcom L, Weems J. Molecular typing and fluconazole susceptibility of urinary Candida glabrata isolates from hospitalized patients. Diagn Microbiol Infect Dis 1997; 29(1): 11-7. [Özet]
  20. Marol S, Yucesoy M. Molecular epidemiology of Candida species isolated from clinical specimens of intensive care unit. Mycoses 2008; 51(1): 40-9. [Özet] [Tam Metin] [PDF]
  21. Yagci A. Restriction fragment length polymorfism ve polimeraz zincir reaksiyon bazlı tipleme yöntemleri, s:149-60. Durmaz R (ed), Uygulamalı Moleküler Mikrobiyoloji. 2001. Nobel Tıp Kitabevleri, Ankara.
  22. Saniç A. Mantarlar: Genel mikrobiyolojik özellikler ve sınıflandırma, s: 9-20. Ulusoy S (ed), Önemli ve Sorunlu Fungal Enfeksiyonlar. 2006. Bilimsel Tıp Yayınevi, Ankara.
  23. Han SH, Huh HJ, Lee MA, Chung WS. Molecular epidemiologic study using randomly amplified polymorphic DNA and risk factor analysis for an outbreak of Candida tropicalis urinary tract infection. Korean J Clin Pathol 2002; 22(1): 15-20.

İletişim (Correspondence):

Prof. Dr. Duygu Fındık,

Selçuk Üniversitesi Selçuklu Tıp Fakültesi,

Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı,

Konya, Türkiye.

Tel (Phone): +90 332 251 5000/40953-5047,

E-posta (E-mail): duygufin@yahoo.com

Yazdır