Yazdır

Kan Kültürlerinde Üreyen Stafilokoklarda Metisilin Direncinin Gerçek Zamanlı PCR ile Erken Tanısı*

Early Detection of Methicillin Resistance by Real-Time PCR in Staphylococci Isolated from Blood Cultures

Ayşe WILLKE1, Murat SAYAN2, Meliha MERİÇ1, Birsen MUTLU1

1 Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Kocaeli.

1 Kocaeli University Faculty of Medicine, Department of Infectious Diseases and Clinical Microbiology, Kocaeli, Turkey.

2 Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi, Merkez Laboratuvarı, Kocaeli.

2 Kocaeli University Medical School Hospital, Central Laboratory, Kocaeli, Turkey.

* Bu çalışma, Kocaeli Üniversitesi Rektörlüğü Bilimsel Araştırma Birimi (2005/30) tarafından desteklenmiş ve 26. ANKEM Antibiyotik ve Kemoterapi Kongresi (18-22 Mayıs 2011, Manavgat-Antalya)'nde poster bildiri olarak sunulmuştur.

ÖZET

Metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA)'a bağlı sepsisler günümüzde önemli bir morbidite ve mortaliteye sahiptir. Bu çalışmada, MRSA'nın kan kültürü sonucuna göre daha erken tanımlanması amacıyla, kültür vasatından elde edilen ekstraktlarda mec ve nuc genleri gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Rt-PCR) yöntemiyle araştırılmıştır. Çalışmaya, 2009-2010 yıllarında BACTEC 9000 MB (BD, ABD) sisteminde üreme sinyali saptanan kan kültürlerinden Gram boyama yapılan ve stafilokok bakterisi görülen 48 örnek alınmıştır. İzolatların tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıkları VITEC 2 (bioMerieux, Fransa) sisteminde yapılmıştır. Kültür sonuçlarına göre 48 stafilokok suşundan 15'i metisiline dirençli koagülaz-negatif stafilokok (MRKNS), dördü MRSA, 14'ü metisiline duyarlı koagülaz-negatif stafilokok (MSKNS) ve 15'i metisiline duyarlı S.aureus (MSSA) olarak tanımlanmıştır. PCR sonuçlarına göre ise suşların 17'si MRKNS, sekizi MRSA, 10'u MSKNS ve 13'ü MSSA olarak belirlenmiştir. Kültür ve PCR sonuçları arasında uyumluluk saptanmamıştır. Kültür sonuçları referans olarak alındığında, metisilin direncini belirlemede PCR yönteminin duyarlılığı %73, özgüllüğü %62, pozitif prediktif değeri %56 ve negatif prediktif değeri %78 olarak hesaplanmıştır. Sonuç olarak, Rt-PCR yöntemi kültürle karşılaştırıldığında, PCR lehine beklenen olumlu sonuç alınamamış ve rutin açıdan PCR, uygun bir yöntem olarak değerlendirilmemiştir.

Anahtar sözcükler: Staphylococcus; kan kültürü; metisilin direnci; gerçek zamanlı PCR.

ABSTRACT

Bacteremia caused by methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) has a significant morbidity and mortality. The aim of this study was to evaluate the efficiency of real-time polymerase chain reaction (Rt-PCR) targeting nuc and mec genes in the culture extracts of blood culture systems for the early diagnosis of MRSA. A total of 48 samples that gave positive growth signal in BACTEC 9000 MB (BD, USA) and stained as gram-positive cocci, were included in the study. The samples were collected between 2009 and 2010. VITEC 2 (bioMerieux, France) system was used for the identification and antibiotic susceptibility testing of the isolates. According to the culture results, 15 of the isolates were methicillin-resistant coagulase-negative staphylococci (MRCNS), four were MRSA, 14 were methicillin-susceptible coagulase-negative staphylococci (MSCNS) and 15 were methicillin-susceptible S.aureus (MSSA). However, Rt-PCR yielded 17 MRCNS, eight MRSA, 10 MSCNS and 13 MSSA results. Our findings indicated lack of concordance between blood culture and PCR technique. When the blood culture results were accepted as the gold standard for the determination of methicillin resistance, sensitivity, specificity, positive and negative predictive values of Rt-PCR were found as 73%, 62%, 56% and 78%, respectively. In conclusion, in contrast to the expectations, Rt-PCR was not considered as an appropriate method for the detection of MRSA in routine diagnosis.

Key words: Staphylococci; blood culture; methicillin resistance; real-time PCR.

Geliş Tarihi (Received): 28.03.2012 • Kabul Ediliş Tarihi (Accepted): 06.04.2012

GİRİŞ

Metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA)'a bağlı sepsisler günümüzde önemli morbidite ve yüksek mortaliteye (%15-30) sahiptir1. Mevcut bakteriyoloji laboratuvarı koşullarında kan kültür sistemlerinde etkenin izole edilmesi ve antibiyotik duyarlılığının bildirilmesi için yaklaşık 24-48 saat gibi bir süre geçmekte, bazen bu süre 72 saate çıkmaktadır2.

Metisilin direnci, mecA geni tarafından kodlanır ve kromozomaldir. mecA geni S.aureus ve tüm metisiline dirençli koagülaz-negatif stafilokok (MRKNS) suşlarında bulunmaktadır. Bu geni taşıyan izolatlar yeni bir penisilin bağlayan protein (PBP) yapımı nedeniyle tüm beta-laktam ajanlara dirençlidir. Ancak metisilin direnci, çevre koşullarından etkilenmesi nedeniyle her zaman rutin testlerle saptanamamakta ve dolayısıyla metisiline dirençli bir stafilokok, duyarlı olarak tanımlanabilmektedir3,4. Bu nedenle polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), stafilokoklarda metisilin direncinin belirlenmesinde duyarlılık ve özgüllüğü yüksek bir yöntemdir4.

Bu çalışmada amaç, kan kültürü şişelerinde üreme sinyali alındığında besiyerinden yapılan boyamalarda gram-pozitif kok varlığında, kan kültür vasatından elde edilen ekstraktlarda mec ve nuc genlerinin PCR yöntemi ile araştırılmasıyla metisiline dirençli stafilokokların kültür sonucuna göre daha erken tanımlanması; böylece bu bakterilere bağlı bakteremili hastalara uygun tedavinin daha erken başlanmasını sağlamaktır.

GEREÇ ve YÖNTEM

Çalışmada, rutin işlemlerle tanımlanan stafilokok suşlarıyla, üreme sinyalinden sonra kültür sonuçları çıkmadan, kültür vasatından elde edilen ekstraktlarda gerçek zamanlı PCR (Rt-PCR) yöntemi ile mec ve nuc genleri araştırıldı. Çalışmaya, 2009-2010 yıllarında tıp fakültesi hastanesi merkez laboratuvarında, BACTEC 9000 MB (Becton Dickinson, ABD) otomasyon sisteminde üreme sinyali saptanan kan kültürlerinden Gram boyama yapılmış ve stafilokok bakterisi görülen 48 örnek alındı. İzolatların tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıkları VITEC 2 (bioMerieux, Fransa) sisteminde gerçekleştirildi. Üreme sinyali saptanan örnekler, -20°C'de çalışma süresine kadar saklandı. Her hastanın sadece bir klinik örneğine ait izolat değerlendirmeye alındı.

Kan kültür vasatı ve kültür plaklarından bakteriyel DNA, ticari bir kit (QIAamp DNA mini kit, QIAGEN, Almanya) ile üretici firmanın önerisi doğrultusunda izole edildi. DNA örnekleri çalışma gününe kadar -20°C'de saklandı. 

Rt-PCR yönteminde; 16S rRNA, mecA ve nuc genlerine özgül F (forward) ve R (reverse) primerler [S.aureus için 16S-F (5'-AGA GTT TGA TCA TGG CTC AG-3') ve 16S-R (5'-GGA CTA CCA GGG TAT CTA AT-3'); MRSA için mecA-F (5'AAA ATC GAT GGT AAA GGT TGG C-3') ve mecA-R (5'-AGT TCT GCA GTA CCG GAT TTG C-3'); MSSA için nuc-F (5'-GCG ATT GAT GGT GAT ACG GTT-3') ve nuc-R (5'-AGC CAA GCC TTG ACG AAC TAA AGC-3')] kullanıldı. Primer çiftleri (her biri 0.5 mM), SYBR green supermix (BioRad Laboratuvarları, ABD) ve elde edilen bakteri DNA'sı ile çalışma reaksiyonu hazırlandı; 94°C‘de 2 dakika, 30 siklus (94°C'de 1 saniye, 55°C'de 15 saniye) ve 72°C'de 10 dakika  final uzama olacak şekilde PCR uygulandı1,2,5,6. Etken, Rt- PCR ile mec ve nuc genleri pozitif ise MRSA, nuc negatif ve mec pozitif ise MRKNS, nuc pozitif ve mec negatif ise metisiline duyarlı S.aureus (MSSA), nuc ve mec negatif ise metisiline duyarlı koagülaz-negatif stafilokok (MSKNS) olduğu kabul edildi.

İstatistiksel değerlendirmede SPSS 13.0 (IBM, Somers, ABD) programı kullanıldı. PCR sonuçlarının duyarlılık, özgüllük, pozitif ve negatif prediktif değerlerinin hesaplanmasında; duyarlılık: gerçek pozitif/gerçek pozitif + yanlış negatif, özgüllük: gerçek negatif/gerçek negatif + yanlış pozitif, pozitif prediktif değeri: gerçek pozitif/gerçek pozitif + yanlış pozitif, negatif prediktif değeri: gerçek negatif/gerçek negatif + yanlış negatif formülleri kullanıldı.

BULGULAR

Çalışmaya alınan 48 stafilokok suşunun kültür üremelerine ve PCR sonuçlarına göre değerlendirme verileri Tablo I'de görülmektedir. Kültür ve PCR sonuçları arasında uyumluluk saptanmamıştır. Kültür sonuçları referans olarak alındığında, metisilin direncini belirlemede PCR yönteminin duyarlılığı %73, özgüllüğü %62, pozitif prediktif değeri %56 ve negatif öngörü değeri %78 olarak hesaplanmıştır.


Tablo I

TARTIŞMA

Günümüzde klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında metisilin direncinin doğrulanması ya da kan kültürlerinden MRSA saptanması için PCR testleri rutin olarak kullanılabilmektedir. Bunlar genellikle PBP-2a'yı kodlayan mecA ile S.aureus'a  özgü  bir  başka  geni  (nuc, coa) saptayan PCR testleridir7,8,9. Son yıllarda yapılan çalışmalarda, kan kültürlerinden direkt MRSA tanımlama amaçlı çeşitli moleküler test teknikleri de bildirilmektedir10,11,12. Bu tanı testleri, hızlı sonuç vermesiyle antibiyotik tedavisine erken başlamada, gereksiz antibiyotik kullanımın oranını azaltmada ve hastanede yatış süresini kısaltmada avantaj sağlarken, test maliyetlerinin geleneksel kültür yöntemlerine göre yüksek olması, deneyimli personel ve üst seviyede donanım gerektirmesi nedeniyle dezavantajlı bulunmaktadır13,14,15.

Kan kültürlerinde üreyen stafilokoklarda metisilin direncinin PCR ile tanısında, test örneğindeki inhibitörler önemli bir sorun olabilir6,10,16. Heparin, hem, lökosit DNA'sı, laktoferrin, IgG ve hedef olmayan DNA gibi unsurlar kan örneklerinde bulunabilen PCR inhibitörleridir17. Klinik örneklerde bulunabilen PCR inhibitörleri, yalancı negatif sonuçlara, test maliyetinde artışlara ve sonuçların gecikmesine neden olabilmekte, dolayısıyla inhibitörlerin giderilmesi gerekmektedir16. Kan örneklerinde inhibitör unsurları gidermede kullanılabilecek, çalışma süresi ve birim maliyeti yönünden farklılıklar gösteren çeşitli teknikler bulunmaktadır. Bu amaçla silika absorpsiyonu, afinite pürifikasyonu, iyon değişim kromatografisi, jel filtrasyonu, manyetik cam partikül izolasyonu, dielektroforez, fenol-kloroform tekniği ve manyetik partikül teknolojisi farklı hasta örneği akışı olan laboratuvarlar için örnek olarak verilebilir16. Çalışmamızda kan kültür örneklerinde bulunabilecek olan PCR inhibitörlerinin etkisi öznel koşullar nedeniyle denetlenememiştir. Ancak bu unsurun başka çalışmalarla araştırılması gerektiği önerilebilir.

Bu çalışmanın sonucunda Rt-PCR yöntemi kültürle karşılaştırıldığında, PCR lehine beklenen olumlu sonuç alınamamıştır. Bunun nedenleri; PCR inhibitörleri, bakteri sayısının az olması, ekonomik nedenlerle test performans analizlerinin yapılamaması gibi faktörler olabilir. Ayrıca, kültür maliyetine PCR yönteminin masrafının eklenmesi, gece alınan sinyallerde PCR yapmanın imkansızlığı, tek tek çalışmanın (kontroller nedeniyle) maliyeti artırması nedeniyle rutin açıdan PCR, uygun bir yöntem olarak değerlendirilmemiştir.

KAYNAKLAR

  1. Jeong J, Chang CL, Park TS, Lee SH, Kim SR, Jeong SH. Early screening of oxacillin-resistant Staphylococcus aureus and Staphylococcus epidermidis from blood culture. J Korean Med Sci 2002; 17(2): 168-72. [Özet] [PDF]
  2. Tan TY, Corden S, Barnes R, Cookson B. Rapid identification of methicillin-resistant Staphylococcus aureus from positive blood cultures by real-time fluorescence PCR. J Clin Microbiol 2001; 39(12): 4529-31.
    [Özet] [Tam Metin] [PDF]
  3. Hartman BJ, Tomasz A. Expression of methicillin resistance in heterogenous strains of Staphylococcus aureus. Antimicrob Agents Chemother 1986; 29(1): 85-92. [Özet] [PDF]
  4. Haddadin AS, Fappiano SA, Lipsett PA. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) in the intensive care unit. Postgrad Med J 2002; 78(921): 385-92. [Özet] [PDF]
  5. Lem P, Spiegelman J, Toye B, Ramotar K. Direct detection of mecA, nuc and 16S rRNA genes in BacT/Alert blood culture bottles. Diagn Microbiol Infect Dis 2001; 41(3): 165-8. [Özet]
  6. Louie L, Goodfellow J, Mathieu P, Glatt A, Louie M, Simor E. Rapid detection of methicillin- resistant staphylococci from blood culture bottles by using a multiplex PCR assay. J Clin Microbiol 2002; 40(8): 2786-90.
    [Özet] [Tam Metin] [PDF]
  7. Akoğlu H, Zarakolu P, Altun B, Unal S. Epidemiological and molecular characteristics of hospital-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains isolated in Hacettepe University Adult Hospital in 2004-2005. Mikrobiyol Bul 2010; 44(3): 343-55. [Özet] [PDF]
  8. Tekeli A, Koyuncu E, Dolapçı I, Akan OA, Karahan ZC. Molecular characteristics of methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains isolated from blood cultures between 2002-2005 in Ankara University Hospital. Mikrobiyol Bul 2009; 43(1): 1-10. [Özet] [PDF]
  9. Malhotra-Kumar S, Haccuria K, Michiels M, et al. Current trends in rapid diagnostics for methicillin-resistant Staphylococcus aureus and glycopeptide-resistant enterococcus species. J Clin Microbiol 2008; 46(5): 1577-87.
    [Özet] [PDF]
  10. Gülhan B, Atmaca S, Özekinci T, Suay A. Evaluation of rapid genotype assay for the identification of gram-positive cocci from blood cultures and detection of mecA and van genes. Mikrobiyol Bul 2011; 45(4): 592-601.
    [Özet] [Tam Metin] [PDF]
  11. Ruimy R, Dos-Santos M, Raskine L, et al. Accuracy and potential usefulness of triplex real-time PCR for improving antibiotic treatment of patients with blood cultures showing clustered gram-positive cocci on direct smears. J Clin Microbiol 2008; 46(6): 2045-51. [Özet] [Tam Metin] [PDF]
  12. Güler I, Kılıç H, Atalay MA, Perçin D, Erçal BD. Genotyping of nosocomial methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains isolated from clinical specimens by rep-PCR. Mikrobiyol Bul 2011; 45(4): 581-91.
    [Özet] [Tam Metin] [PDF]
  13. Sancak B, Ercis S, Hasçelik G. Comparison of the value of disk diffusion methods and polymerase chain reaction for fixation of methicillin-resistant staphylococcus. Mikrobiyol Bul 2003; 37(2-3): 109-15. [Özet] [PDF]
  14. Carver PL, Lin SW, DePestel DD, Newton DW. Impact of mecA gene testing and intervention by infectious disease clinical pharmacists on time to optimal antimicrobial therapy for Staphylococcus aureus bacteremia at a University Hospital. J Clin Microbiol 2008; 46(7): 2381-3. [Özet] [Tam Metin] [PDF]
  15. Kerremans JJ, Verboom P, Stijnen T, et al. Rapid identification and antimicrobial susceptibility testing reduce antibiotic use and accelerate pathogen-directed antibiotic use. J Antimicrob Chemother 2008; 61(2): 428-35.
    [Özet] [Tam Metin] [PDF]
  16. Sayan M, Meriç M, Celebi S, Willke A. Elimination of PCR inhibitors in routine diagnostic real-time PCR assay and results of internal amplification control. Mikrobiyol Bul 2009; 43(1): 179-81. [Özet] [PDF]
  17. Radström P, Knutsson R, Wolffs P, Lövenklev M, Löfström C. Pre-PCR processing: strategies to generate PCR-compatible samples. Mol Biotechnol 2004; 26(2): 133-46. [Özet]

İletişim (Correspondence):

Prof. Dr. Ayşe Willke,

Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi,

Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik

Mikrobiyoloji Anabilim Dalı,

Umuttepe Merkez Yerleşkesi,

41380 Kocaeli, Türkiye.

Tel (Phone): +90 262 303 7562,

E-posta (E-mail): aysewillke2002@gmail.com

Yazdır