Yazdır

�zg�n �alışma/Original Article
Mikrobiyol Bul 2016; 50(2): 196-204

Klinik �rneklerde Mycobacterium tuberculosis'in Saptanması ve Rifampin Direncinin Tespitinde
Xpert MTB/RIF Testinin Tanısal Performansının Değerlendirilmesi*

Evaluation of the Diagnostic Performance of Xpert MTB/RIF Test for the Detection of
Mycobacterium tuberculosis and Rifampin Resistance in Clinical Samples

Nafia Canan G�RSOY, Yusuf YAKUPOĞULLARI, Mehmet Sait TEKEREKOĞLU, Barış OTLU

İn�n� �niversitesi Tıp Fak�ltesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Malatya.

İn�n� University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Malatya, Turkey.

* Bu �alışma, 7. Ulusal Mikobakteri Sempozyumu (8-10 Mayıs 2015, Mersin)'nda poster olarak sunulmuştur.

�Z

Aktif t�berk�loz (TB) olgularının hızlı ve doğru olarak saptanması, TB kontrol programının en �nemli hedeflerinden biridir. Bu ama�la, etkenin izolasyonu, tiplendirilmesi ve ila� direncinin belirlenmesi i�in her ge�en g�n yeni y�ntemler geliştirilmektedir. Son yıllarda �retilmiş olan Xpert MTB/RIF (CepheidGeneXpert� System, ABD) testi; direkt klinik �rnekten Mycobacterium tuberculosis kompleksi ve suşun rifampin (RIF) direncini birka� saat i�inde saptayan, ger�ek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu temelli bir y�ntemdir. Ancak testin �zellikle akciğer-dışı �rnekler ve balgam dışındaki akciğer �rneklerindeki performansı hakkında halen yeterli veri bulunmamaktadır. Bu �alışmada, Xpert MTB/RIF testinin akciğer ve akciğer-dışı klinik �rneklerde M. tuberculosis'i saptamadaki duyarlılık, �zg�ll�k, pozitif ve negatif tahmin değerlerinin araştırılması ve izolatların RIF direncini belirlemesindeki performansı araştırılmıştır. �alışmaya, Temmuz 2013-Aralık 2014 tarihleri arasında laboratuvarımıza g�nderilen 1141 (%52.8) akciğer ve 1019 (%47.2) akciğer-dışı olmak �zere toplam 2160 klinik �rnek dahil edilmiştir. Değerlendirilen �rneklerden 67'si (%3.1) mikroskopi (aside diren�li boyama; ARB), 116'sı (%5.4) k�lt�r ve 98'i (%4.5) Xpert MTB/RIF testi ile pozitif bulunmuştur. K�lt�r sonu�ları referans olarak alındığında; Xpert MTB/RIF testinin duyarlılık ve �zg�ll�ğ� t�m �rneklerde sırasıyla %73.3 ve %99.3; akciğer �rneklerinde %77.5 ve %99.5; akciğer-dışı �rneklerde ise %63.9 ve %99.2 olarak saptanmıştır. ARB pozitif �rneklerde Xpert MTB/RIF testinin duyarlılığı %100, �zg�ll�ğ� %66.7; ARB negatif olanlarda ise sırasıyla %40.4 ve %99.4 olarak belirlenmiştir. �alışmaya alınan t�m �rnekler i�inde yalnızca �� �rnekte Xpert MTB/RIF testi ile RIF direnci saptanmış ve bu sonu�lar fenotipik olarak da doğrulanmıştır (%100 uyum). Mikobakteriyel k�lt�r sonu�larına g�re Xpert MTB/RIF testinin pozitif ve negatif �ng�r� değerleri, incelenen t�m �rnekler i�in sırasıyla %86.7 ve %98.5; akciğer �rnekleri i�in %92.5 ve %98.3; akciğer dışı �rnekler i�in ise %74.2 ve %98.7 olarak bulunmuştur. �alışmamızda elde edilen sonu�lara g�re, Xpert MTB/RIF testinin akciğer-dışı �rneklerde duyarlılığının orta d�zeylerde olduğu saptanmış olup; �zellikle basil y�k�n�n az olduğu ARB negatif �rneklerde testin duyarlılığının d�şt�ğ� g�r�lm�şt�r. Buna karşın Xpert MTB/RIF testinin t�m �rneklerde etkene �zg�ll�ğ� son derece y�ksek bulunmuştur. �alışmamızda az sayıda �rnekte rifampine diren�li suş saptanmış olmakla birlikte, Xpert MTB/RIF testi t�m diren�li ve duyarlı suşları ayırt edebilmiştir. Ayrıca laboratuvarımızda, M. tuberculosis'in tespiti ve RIF direncinin belirlenmesi k�lt�r ile ortalama 20.96 g�n� bulurken, Xpert MTB/RIF testi ile bu s�re birka� saate d�şmektedir. Testin kullanım kolaylılığı, hızlı olması ve minimum g�venlik �nlemleri gerektirmesi nedeniyle, k�lt�r y�ntemi ile doğrulanmak şartıyla, Xpert MTB/RIF testinin, akciğer-dışı �rneklerde de t�berk�lozun hızlı tanısına katkı sağlayabileceği kanısına varılmıştır.

Anahtar s�zc�kler: Xpert MTB/RIF; Mycobacterium tuberculosis kompleks; t�berk�loz; tanı; rifampin direnci.

ABSTRACT

Rapid and accurate detection of active tuberculosis (TB) cases is one of the most important goal of tuberculosis control programme. For this purpose, new methods are being developed to isolate, serotype and determine the drug resistance of the agent. Xpert MTB/RIF test (CepheidGeneXpert� System, USA) that has been recently developed, is a real-time polymerase chain reaction-based method which detects Mycobacterium tuberculosis complex and resistance of the strain to rifampicin (RIF) from the clinical sample directly within a couple of hours. However, there are not sufficient data about the performance of that test for extrapulmonary samples and pulmonary samples other than sputum. The aims of this study were to investigate the sensitivity, specificity, positive and negative predictive values of Xpert MTB/RIF test in detection of M. tuberculosis and the performance in the determination of rifampicin resistance of the isolates from pulmonary and extrapulmonary clinical samples. A total of 2160 clinical samples, in which 1141 (52.8%) were pulmonary and 1019 (47.2%) were extrapulmonary samples, sent to our laboratory between July 2013 to December 2014, were included in the study. Sixty seven of the evaluated samples (3.1%) were positive with microscopy (acid-fast stain; AFS), 116 samples (5.1%) were positive with culture and 98 samples (4.5%) were positive with Xpert MTB/RIF test. When the culture was considered as the reference method, the sensitivity and specificity of Xpert MTB/RIF test were determined as 73.3% and 99.3%, respectively for all samples; 77.5% and 99.5%, respectively for pulmonary samples and 63.9% and 99.2%, respectively for extrapulmonary samples. Among AFS positive samples, the sensitivity was 100% and specificity was 66.7%; whereas among AFS negative samples those values were 40.4% and 99.4%, respectively. Among all the samples involved in the study, RIF resistance was determined only in three samples with Xpert MTB/RIF test and that was also proved phenotypically (100% concordance). According to mycobacterial culture results, positive and negative predictive values of Xpert MTB/RIF test were determined as 86.7% and 98.5%, respectively for all samples. Those were determined as 92.5% and 98.3%, respectively for extrapulmonary samples and were determined as 74.2 and 98.7%, respectively for pulmonary samples. According to the results obtained in our study, sensitivity of Xpert MTB/RIF test for extrapulmonary samples was found to be at moderate level; sensitivity of the test was found to be decreased especially in AFS negative samples with less bacilli load. Nonetheless, specificity of Xpert MTB/RIF test to the agent in all samples was found to be extremely high. In our study, although RIF-resistant strains were detected in few of the samples, Xpert MTB/RIF test could differentiate all resistant and sensitive strains. Additionally, detection of M. tuberculosis and RIF resistance in our laboratory takes approximately 20.96 days with culture, this period decreases to a couple of hours with Xpert MTB/RIF test. Because of the advantages such as being practical, rapid and requiring minimal safety measures, it was concluded that Xpert MTB/RIF test may contribute to rapid diagnosis of TB also in extrapulmonary samples, with the confirmation of culture method.

Keywords: Xpert MTB/RIF; Mycobacterium tuberculosis complex; tuberculosis; diagnosis; rifampicin resistance.

Geliş Tarihi (Received): 04.12.2015 • Kabul Ediliş Tarihi (Accepted): 15.02.2016

GİRİŞ

T�berk�loz (TB), her yıl milyonlarca yeni olgudan sorumlu k�resel bir sağlık sorunudur. D�nya Sağlık �rg�t� (DS�)'n�n 2015 yılı raporuna g�re; 2014 yılında 9.6 milyon yeni TB olgusu g�r�lm�ş, 1.5 milyon kişi ise TB nedeniyle hayatını kaybetmiştir. Aynı raporda �lkemiz, 22/100.000 prevalans ve 18/100.000 insidans oranları ile orta d�zey TB prevalansına sahip olarak değerlendirilmiştir1.

T�berk�lozun kesin tanısının yapılması ve etkin tedavinin başlanması, hastalığın kontrol edilmesinde kritik �neme sahiptir. Aktif TB olgularının ve �oğul ila� diren�li (�İD) suşların hızlı tanısının, TB nedenli morbidite ve mortaliteyi azaltacağı ve etkenin toplumda yayılımının �nlenmesine katkıda bulunacağı bildirilmektedir2,3. Ancak, TB basilinin k�lt�rde �retilmesi, tanımlanma s�re�leri ve ila� duyarlılığının belirlenmesi zaman alıcı (4-8 hafta) ve g�� laboratuvar işlemlerini gerektirmektedir. Geliştirilen otomatize k�lt�r, tanımlama ve duyarlılık sistemleri ile �rnekteki canlı basil y�k�ne g�re bu s�reler 10-12 g�ne kadar indirilebilmiş olmasına rağmen, bu s�re halen istenilen d�zeyde değildir2,3,4.

XpertMTB/RIF testi (Cepheid, ABD), eş zamanlı olarak M. tuberculosis varlığı ile rifampin (RIF) direncini direkt hasta �rneğinden iki saatten kısa bir s�rede saptayabilen kolay ve hızlı n�kleik asit amplifikasyon testi olarak son yıllarda kullanıma girmiştir5. G�n�m�z itibariyle DS�1 ve Amerikan Gıda ve İla� Dairesi (Food and Drug Administration, FDA)6 tarafından balgam �rneklerinde M. tuberculosis ve RIF direncinin saptanmasında �nerilen bir test kiti olmuştur. Akciğer dışı �rnekler ve aside diren�li boyama (ARB) ile negatif bulunan �rneklerde ise testin duyarlılığının d�şt�ğ� ile ilgili farklı bildirimler mevcuttur7,8. Ancak bu testin, �zellikle akciğer dışı �rneklerde ve balgam dışı akciğer �rneklerindeki tanısal performansını g�steren �alışma sayısı sınırlı olup, �lkemizde yapılan araştırmalar ise daha azdır9,10,11,12. Bu �alışmada, hastanemiz TB tanı laboratuvarında yaklaşık 1.5 yıllık d�nemde �alışılan akciğer ve akciğer dışı �rneklerde basilin saptanması ve etkenin rifampin direncinin belirlenmesinde XpertMTB/RIF testinin performansının araştırılması ama�lanmıştır.

GERE� ve Y�NTEM

�alışmada; İn�n� �niversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Mikobakteriyoloji Laboratuvarına, Temmuz 2013-Aralık 2014 tarihleri arasında g�nderilen toplam 2160 klinik �rneğe ait veriler geriye d�n�k olarak değerlendirildi. Aynı hastadan gelen tekrar �rnekleri, k�lt�rde kontaminasyon saptanan �rnekler, t�berk�loz dışı mikobakteri �reyen �rnekler ve Xpert MTB/RIF testi �alışılmamış �rnekler �alışma dışında bırakıldı.

Akciğer �rnekleri ve diğer steril olmayan klinik �rnekler, standart N-asetil-L-sistein (NALC) + sodyum hidroksit (NaOH) y�ntemiyle homojenizasyon/dekontaminasyon işlemine alındı13. Steril kabul edilen �rnekler, dekontamine edilmeden santrif�j edildikten sonra veya �rnek 10 ml'den az ise doğrudan kullanıldı. Mikroskobik incelemede Ehrlich Ziehl-Neelsen (EZN) boyama y�ntemi uygulandı; k�lt�r i�in L�wenstein Jensen (LJ) katı besiyerine (Salubris, T�rkiye) ve VersaTREK (Trek Diagnostic Systems, ABD) sıvı besiyerine ekim yapıldı. K�lt�r pozitif �rnekler; EZN boyama y�ntemiyle mikroskobik olarak incelenerek kontaminasyon ihtimali dışlandı ve ARB pozitif �rnekler, MPT64 antijen testi (SD Bioline TB Ag MPT64 Rapid; Standard Diagnostics Inc., G�ney Kore) ile t�r d�zeyinde tanımlandı. M. tuberculosis kompleks olarak tanımlanan izolatların ila� duyarlılığı VersaTREK sistemi ile değerlendirildi ve RIF direnci i�in kritik konsantrasyon 1 g/ml olarak alındı. Xpert MTB/RIF testi �retici firmanın �nerilerine g�re �alışıldı. DS�'n�n referans y�ntem olarak �nerdiği k�lt�r testi esas alınarak; Xpert MTB/RIF testi sonu�larının duyarlılık, �zg�ll�k, pozitif (PTD) ve negatif (NTD) tahmin değerleri hesaplandı.

Laboratuvarımız; T.C. Sağlık Bakanlığı T�rkiye Halk Sağlığı Kurumu tarafından sağlanan "Ulusal T�berk�loz Referans Laboratuvarı Dış Kalite Değerlendirme Programı" kapsamında değerlendirilmektedir.

BULGULAR

�alışmaya alınan toplam 2160 klinik �rneğin 1141'i (%52.8) akciğer ve 1019'u (%47.2) akciğer-dışı �rneklerden oluşmaktadır. T�m �rneklerin 116'sında (%5.4) k�lt�rde M.tuberculosis �remiş ve 98'inde (%4.5) Xpert MTB/RIF testi pozitif bulunmuştur. �rneklerin EZN boyamasında, 67 (%3.1) �rnekte ARB pozitifliği saptanmıştır. Akciğer �rneklerinde ARB, MTB/RIF testi ve k�lt�r pozitifliği sırasıyla %4.6, %5.9, %7 iken; akciğer-dışı �rneklerde bu değerler %1.4, %3 ve %3.5 olarak bulunmuştur. �rnek t�r� ve dağılımına g�re testlerin pozitiflik durumları Tablo I'de g�sterilmiştir.�


Tablo I

Otomatize k�lt�r ve duyarlılık sisteminde, izole edilen 116 suşun yalnızca ���nde (%2.6) rifampin direnci saptanmış olup, geri kalan 113 (%97.4) �rnek rifampine duyarlı olarak bulunmuştur. Xpert MTB/RIF y�ntemi ile bu �� diren�li suş tam olarak saptanmış ve geri kalan suşlar ise rifampine duyarlı olarak tanımlanmıştır.

Aside diren�li boyama sonucu negatif olan �rnekler i�erisinde; k�lt�rle doğrulanamayan, yalnızca Xpert MTB/RIF testi ile pozitif bulunan 12 (12/33) �rnek ile ARB pozitif �rnekler i�erisinde yalnızca bir (1/65) �rnek yalancı pozitif (YP) olarak değerlendirilmiştir. YP sonu�ların 5'i akciğer, 8'i ise akciğer-dışı �rneklerden oluşmaktadır. Bununla birlikte, YP olarak değerlendirilen 13 hastanın epikriz raporları incelendiğinde; bu hastalardan 9'unun daha �nce klinik, radyolojik veya histopatolojik olarak TB tanısı almış ve antit�berk�loz tedavi g�ren hastalar olduğu tespit edilmiştir. Antit�berk�loz tedavi nedeniyle basil sayısındaki d�ş�ş ve/veya �l� basiller; ARB ve k�lt�r negatifliğini a�ıklamaktadır. Dolayısıyla yalnızca 4 (4/107) hastada Xpert MTB/RIF testi ile yalancı pozitiflik tespit edilmiştir. Yine ARB'si negatif olan; 18'i akciğer ve 13'� akciğer-dışı olmak �zere toplam 31 (31/2060) �rnekte Xpert MTB/RIF testi negatif, k�lt�r pozitif olarak bulunmuş ve bu sonu�lar yalancı negatif (YN) olarak değerlendirilmiştir. ARB pozitif �rneklerde YN sonu�la karşılaşılmamıştır.

Mikobakteriyel k�lt�r sonu�ları esas alındığında; �alışmamıza g�re aside diren�li boyama y�nteminin t�m �rneklerdeki duyarlılığı %55.2, �zg�ll�ğ� %99.9; akciğer �rnekleri i�in bu değerler sırasıyla %65 ve %99.9; akciğer dışı �rnekleri i�in ise %33.3 ve %99.8 olarak bulunmuştur. Yine k�lt�r sonu�larına g�re incelenen t�m �rnekler i�in Xpert MTB/RIF testinin duyarlılığı %73.3, �zg�ll�ğ� %99.3, PTD %86.7 ve NDT %98.5 olarak hesaplanmıştır. Akciğer ve akciğer dışı �rneklerde Xpert MTB/RIF testinin duyarlılık, �zg�ll�k, PTD ve NTD değerleri Tablo II'de g�sterilmiştir.


Tablo II

Laboratuvarımıza g�nderilen �rneklerden k�lt�r ile M. tuberculosis kompleks (MTC)'in tespiti ortalama 20 g�nde (6-42 g�n) sonu�lanmış ve rifampin direnci de eklendiğinde bu s�re yaklaşık 10 g�n daha uzamıştır. Buna karşın, Xpert MTB/RIF testi ile MTC'nin tespiti ve rifampin direncinin belirlenmesi aynı g�n i�erisinde sonu�lanmaktadır.

TARTIŞMA

G�n�m�zde TB tanısında halen ARB boyama ve k�lt�r gibi geleneksel tanı y�ntemleri kullanılmasına rağmen, yeni molek�ler y�ntemler tanısal algoritmaları değiştirecek gibi g�r�nmektedir. Xpert MTB/RIF testi gibi kısa d�nemde hızlı olgu� tespitinin yanı sıra, ila� diren� mutasyonlarını da eş zamanlı olarak tespit edebilen, duyarlılığı y�ksek molek�ler teknolojilerin boyalı mikroskobik incelemenin yerini alacağı d�ş�n�lmektedir1,6.

Klinik �rneklerden M. tuberculosis tespitinde, k�lt�re g�re daha hızlı ve ucuz bir test olan boyalı mikroskobik inceleme yaygın olarak kullanılmakta ve yapılan �eşitli �alışmalarda ortalama %45-80 oranında duyarlılığa sahip olduğu bildirilmektedir2,3,4,10,11. Akciğer �rneklerinde ARB boyamanın duyarlılığı %89.5'e kadar y�kselirken7, akciğer-dışı �rneklerde %2'ye kadar d�şebilmektedir14. Aynı �alışmalarda duyarlılık sonu�ları Xpert MTB/RIF testi ile karşılaştırıldığında (%89.5'a karşı %97.1 ve %2'ye karşı %50) Xpert MTB/RIF testinin daha duyarlı olduğu bildirilmiştir7,14. �alışmamızda incelenen y�ntemlerden boyalı mikroskobik incelemenin duyarlılığı, akciğer �rneklerinde %65 ve akciğer-dışı �rneklerde %33.3 olmak �zere, t�m �rnekler i�in %55.2 olarak hesaplanmış ve Xpert MTB/RIF testinin �ok daha duyarlı olduğu g�r�lm�şt�r (sırasıyla; %77.5, 63.9 ve %73.3).

Yapılan �eşitli �alışmalarda; k�lt�r ile karşılaştırıldığında Xpert MTB/RIF testinin duyarlılığı %33-100 ve �zg�ll�ğ� %58-100 arasında değişiklik g�stermektedir2,3,5,7,8,10,11. Testin performansındaki bu değişkenlik; �alışmanın planlandığı b�lgenin TB prevalansı, �rneklemin b�y�kl�ğ�, �alışmaya dahil edilen �rnek tiplerindeki farklılık, �rnek kalitesi, �alışılan klinik �rneğin �zellikle akciğer-dışı �rneklerde olduğu gibi tuz, protein ve h�cresel kalıntılar a�ısından kompozisyonu ve �rneğin basil y�k� gibi durumlardan kaynaklanmaktadır5,11,14,15. Toplam 2160 �rneğin incelendiği �alışmamızda; ARB, Xpert MTB/RIF ve k�lt�r pozitifliği sırasıyla %3.1, %4.5 ve %5.4 olarak saptanmıştır. �alışmamıza dahil edilen t�m �rneklerdeki Xpert MTB/RIF testinin duyarlılığı %73.3 ve �zg�ll�ğ� %99.3'd�r. Bu sonu�ların, bizimle benzer ARB pozitiflik oranlarına sahip �zk�t�k11, Zeka10 ve Kim ve arkadaşlarının16 �alışmalarıyla uyumlu olduğu g�r�lmektedir. Xpert MTB/RIF testinin duyarlılığının bizim sonu�larımıza kıyasla son derece y�ksek olduğu �alışmalarda (%88-100); incelenen �rneklerin b�y�k bir kısmının basil y�k� yoğun akciğer �rneklerinden oluştuğu, �zellikle de klinik bulgularına g�re TB ş�pheli hastaların se�ildiği g�r�lmektedir7,9,12. Akciğer ve akciğer-dışı 595 �rneğin incelendiği Bunsow ve arkadaşlarının7 �alışmasında da benzer şekilde, akciğer �rneklerinin ARB ve k�lt�r pozitiflikleri sırasıyla %23.1 ve %23.8 olup, �alışmamızdan son derece y�ksek olan bu sonu�lar Xpert MTB/RIF testinin performansını da iyileştirmektedir. Yine alınan �rneğin kalitesi de, hem ARB pozitifliğini hem de Xpert MTB/RIF testi duyarlılığını direkt olarak etkilemektedir.�

Akciğer �rneklerinde Xpert MTB/RIF testi duyarlılığının akciğer-dışı �rneklere nazaran daima daha y�ksek olduğu g�r�lmektedir3,7,8,10,11,14,15. Aralarında meta-analiz �alışmalarının da bulunduğu �eşitli �alışmalarda; Xpert MTB/RIF testinin akciğer �rneklerindeki duyarlılığı %57-100 arasında değişirken, �zg�ll�ğ� %96-100 olarak bildirilmiştir2,7,8,10,11,17,18. �zg�ll�k hemen t�m �alışmalarda y�ksek değerlere sahipken, duyarlılıktaki değişkenliğin nedeni, �alışılan �rnek tipindeki farklılık ve �rneğin basil y�k� gibi g�r�nmektedir. Şimdiye kadar yapılan �alışmalarda Xpert MTB/RIF testi duyarlılığının akciğer �rnekleri i�erisinde balgam ve bronkoalveolar lavaj (BAL)'da en y�ksek seviyeye �ıktığı g�r�lmekte ve hatta balgam i�in Xpert MTB/RIF testi duyarlılığının m�kemmel doğruluğa sahip olduğu belirtilmektedir5,7,8,11,19. Yine testin duyarlılığının y�ksek olduğu �alışmalarda, Xpert MTB/RIF testinin rutin ama�lı kullanılmadığı, daha �ok klinik olarak akciğer ve/veya akciğer-dışı TB ş�pheli hastalara ait �rneklerin �alışıldığı g�r�lmektedir8,9,10,17,19. Bizim merkezimizde TB tanı testleri genellikle tarama testi olarak istendiğinden, ARB, XpertMTB/RIF testi ve k�lt�r pozitiflik oranlarımız diğer �alışmalardan3,5,9,12 daha d�ş�k değerlerdedir. �alışmamızda; t�m �rneklerin %52.8'ini temsil eden akciğer �rneklerindeki MTB/RIF testinin duyarlılık, �zg�ll�k, PTD ve NTD sırasıyla %77.5, %99.5, %92.5 ve %98.3 olarak bulunmuştur. İncelenen akciğer �rneklerindeki MTB/RIF testinin pozitifliği, BAL, balgam ve a�lık mide suyu (AMS) �rneklerinde sırasıyla %7.95, %6.09 ve %0.77 olup, benzer �alışmalarla uyumludur11,12.

Toplamda 6026 �rnek ve 27 araştırma sonu�larının incelendiği Maynard-Smith ve arkadaşlarının15 �alışmasında; solunum yolu dışındaki �rneklerde duyarlılığın aşırı derecede değişkenlik g�sterdiği (%25-100), �zg�ll�ğ�n�n ise duyarlılığın aksine �alışmaların �oğunda �ok y�ksek olduğu (%73-%100) g�sterilmiştir. Aynı �alışmada, duyarlılıktaki bu aşırı değişkenliğin nedeni olarak; ARB pozitiflik durumu, �rnek tipi, d�ş�k �rnek miktarı, �alışma dizaynındaki farklılıklar, hasta se�imi, hastanın yaşı ve �rnek toplama y�ntemlerindeki farklılıklar g�sterilmiştir15. Theron ve arkadaşları14 ise, 1321 klinik �rneği incelemişler ve akciğer-dışı �rneklerdeki d�ş�k duyarlılığın, primer olarak �rneğin i�eriğindeki PCR inhibit�r varlığından ziyade d�ş�k mikobakteriyel y�kten kaynaklandığını belirtmişlerdir. Bu araştırıcılar, BOS �rneklerindeki "yalancı negatif" sonu�ların PCR aşamasında inhibisyona neden olabilecek maddelerden ve yetersiz �rnek miktarından kaynaklandığı sonucuna varmışlardır14. Ayrıca, yaklaşık 3 ml'lik BOS �rneğinde, santrif�j�n ardından elde edilen ��keltinin yıkanması ve tekrar tamponlanarak �alışılması durumunda, Xpert MTB/RIF testinin duyarlılığının %40'a kadar arttığı vurgulanmıştır14. Laboratuvarımıza yaklaşık 1-3 ml civarında g�nderilen 134 BOS �rneği i�erisinde sadece ikisi k�lt�r ile pozitif bulunurken, ARB ve Xpert MTB/RIF testi ile pozitiflik saptanamamıştır. �alışmamızda, BOS da dahil olmak �zere, t�m akciğer-dışı �rneklerde testin duyarlılığı %63.9 ve �zg�ll�ğ� %99.2 olarak bulunmuş; bu değerlerin �lkemizde yapılan benzer �alışmalar10,11 ile uyumlu olduğu g�r�lm�şt�r.

Xpert MTB/RIF testinin duyarlılığı ile mikobakteriyel y�k� temsil eden ARB pozitiflik durumu arasında �ok g��l� bir ilişki bulunmaktadır. Yapılan �alışmalarda, hem akciğer hem de akciğer-dışı ARB pozitif �rneklerde Xpert MTB/RIF testinin duyarlılığının ARB negatiflere kıyasla �ok daha y�ksek olduğu bildirilmektedir5,7,10,11,14,15,17. Akciğer �rneklerinde %4.6, akciğer dışı �rneklerde ise %1.4 oranında ARB pozitifliği saptadığımız �alışmamızda; bu �rneklerde Xpert MTB/RIF testinin duyarlılığı sırasıyla %100 ve %66.7, �zg�ll�ğ� ise sırasıyla %40.4 ve %99.4 olarak hesaplanmıştır. Maynard-Smith ve arkadaşları15 tarafından yapılan meta-analiz �alışmasında da benzer şekilde; ARB pozitif �rneklerde Xpert MTB/RIF testinin duyarlılığının en y�ksek değerlerde olduğu (0.96, 95% CI 0.91-1.00), en d�ş�k duyarlılık oranlarının ise ARB negatif �rneklerde g�zlendiği belirtilmiştir (0.69, 95% CI 0.60-0.80).�����

Daha �nce yapılan �alışmalarda, Xpert MTB/RIF testinin RIF direncini belirlemedeki duyarlılık ve �zg�ll�ğ�; %83.3-100 ve %87-100 arasında değişmektedir7,8,15,17,19. �alışmamızda RIF diren� tespitindeki performansı, yalnızca �� hastada diren� tespit edildiğinden değerlendirilememiştir. Bununla birlikte, Xpert MTB/RIF testi ile RIF'e diren�li olarak bulunan sonu�ların tamamı, fenotipik y�ntemle de doğrulanmıştır. RIF direncinin hızlı tespiti, �zellikle d�ş�k ve orta prevalanslı b�lgelerde �İD suşların yayılımının engellenmesinde son derece �nemlidir. Ancak, yanlış pozitif bir sonu� ile gereksiz �İD TB tedavisi uygulanacağından, RIF'e diren� sonucu mutlaka antibiyotik duyarlılık testi ile doğrulanmalıdır.

Sonu� olarak, TB'nin molek�ler tanısında kullanılan y�ntemler i�erisinde �rnekten sonuca t�m işlemlerin otomatize yapıldığı, tek kapalı sistem olan Xpert MTB/RIF testinin, �zellikle ARB pozitif �rneklerdeki y�ksek duyarlılığı nedeniyle g�venle kullanılabileceği g�r�lmektedir. Ayrıca, ARB negatif ve akciğer-dışı �rneklerde, mikroskobik incelemeye g�re daha y�ksek duyarlılıkta olması nedeniyle, �zellikle klinik olarak ş�pheli hastalarda TB'un hızlı tanısında kullanılabileceği kanısına varılmıştır. Ek olarak, �zg�ll�ğ�n�n y�ksek olması nedeniyle elde edilen pozitif sonu�, TB tedavisine başlamada g�venilir olacaktır. Yine RIF direnci ş�phesi olan hastalarda da, M. tuberculosis ve RIF direncini eş zamanlı olarak ve yaklaşık iki saat i�erisinde saptayabildiği d�ş�n�l�rse, daha sonra mutlaka k�lt�r ve antibiyotik duyarlılık testi ile doğrulanmak şartıyla, b�y�k avantaj sağlayacağı d�ş�n�lmektedir.

KAYNAKLAR

  1. World Health Organization. Global Tuberculosis Report 2015. WHO, Geneva, Switzerland. Available at: http://www.who.int/tb/publications /global_ report/en
  2. Park KS, Kim JY, Lee JW, et al. Comparison of the Xpert MTB/RIF and Cobas TaqMan MTB assays for detection of Mycobacterium tuberculosis in respiratory specimens. J Clin Microbiol 2013; 51(10): 3225-7.
  3. Moure R, Mu�oz L, Torres M, Santin M, Mart�n R, Alcaide F. Rapid detection of Mycobacterium tuberculosis complex and rifampin resistance in smear-negative clinical samples by use of an integrated real-time PCR method. J Clin Microbiol 2010; 49(3): 1137-9.
  4. Durmaz R. T�berk�lozda hızlı molek�ler tanı testleri. ANKEM Derg 2012; 26(Ek 2): 72-81.
  5. Boehme CC, Nabeta P, Hillemann D, et al. Rapid molecular detection of tuberculosis and rifampin resistance. N Engl J Med 2010; 363(11): 1005-15.
  6. Federal Drug Administration. Press release: FDA permits marketing of first U.S. test labeled for simultaneous detection of tuberculosis bacteria and resistance to the antibiotic rifampin. Available at: http://www.fda.gov/NewsEvents/Newsroom/PressAnnouncements/ucm362602.htm.
  7. Bunsow E, Ruiz-Serrano MJ, L�pez Roa P, Kestler M, Viedma DG, Bouza E. Evaluation of GeneXpert MTB/RIF for the detection of Mycobacterium tuberculosis and resistance to rifampin in clinical specimens. J Infect 2014; 68(4): 338-43.
  8. Chang K, Lu W, Wang J, et al. Rapid and effective diagnosis of tuberculosis and rifampicin resistance with Xpert MTB/RIF assay: a meta-analysis. J Infect 2012; 64(6): 580-8.
  9. Cift�i IH, Aslan MH, Aşık G. Evaluation of Xpert MTB/RIF results for the detection of Mycobacterium tuberculosis in clinical samples. Mikrobiyol Bul 2011; 45(1): 43-7.
  10. Zeka AN, Tasbakan S, Cavusoglu C. Evaluation of the GeneXpert MTB/RIF assay for rapid diagnosis of tuberculosis and detection of rifampin resistance in pulmonary and extrapulmonary specimens. J Clin Microbiol 2011; 49(12): 4138-41.
  11. Ozkutuk N, Surucuoglu S. Evaluation of the Xpert MTB/RIF assay for the diagnosis of pulmonary and extrapulmonary tuberculosis in an intermediate-prevalence setting. Mikrobiyol Bul 2014; 48(2): 223-32.
  12. �elik C, G�zel MG, Bakıcı MZ, et al. Applicability of Xpert MTB/RIF assay for routine diagnosis of tuberculosis: a four years single center experience. Turk J Med Sci 2015; 45(6): 1329-34.
  13. Kent PT, Kubica GP. Public Health Mycobacteriology: A Guide for the Level III Laboratory. 1985, U.S. Department of Health and Human Services, Atlanta, GA.
  14. Theron G, Peter J, Calligaro G, et al. Determinants of PCR performance (Xpert MTB/RIF), including bacterial load and inhibition, for TB diagnosis using specimens from different body compartments. Sci Rep 2014; 4: 5658.
  15. Maynard-Smith L, Larke N, Peters JA, Lawn SD. Diagnostic accuracy of the Xpert MTB/RIF assay for extrapulmonary and pulmonary tuberculosis when testing non-respiratory samples: a systematic review. BMC Infect Dis 2014; 14: 709.
  16. Kim CH, Hyun IG, Hwang YI, et al. Identification of Mycobacterium tuberculosis and rifampin resistance in clinical specimens using the Xpert MTB/RIF assay. Ann Clin Lab Sci 2015; 45(1): 32-8.
  17. Hu P, Bai L, Liu F. Evaluation of the Xpert MTB/RIF assay for diagnosis of tuberculosis and rifampin resistance in county-level laboratories in Hunan province, China. Chin Med J (Engl) 2014; 127(21): 3744-50.
  18. Boehme CC, Nicol MP, Nabeta P, et al. Feasibility, diagnostic accuracy, and effectiveness of decentralised use of the Xpert MTB/RIF test for diagnosis of tuberculosis and multidrug resistance: a multicentre implementation study. Lancet 2011; 377(9776): 1495-505.
  19. Khalil KF, Butt T. Diagnostic yield of bronchoalveolar lavage gene Xpert in smear-negative and sputum-scarce pulmonary tuberculosis. J Coll Physicians Surg Pak 2015; 25(2): 115-8.

İletişim (Correspondence):

Dr. Nafia Canan G�RSOY,

İn�n� �niversitesi Tıp Fak�ltesi,

Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı,

Malatya, T�rkiye.

Tel (Phone): +90 506 644 7770,

E-posta (E-mail): canan.gursoy@inonu.edu.tr

Yazdır