Yazdır

�zg�n �alışma/Original Article
Mikrobiyol Bul 2017; 51(4): 350-360

Akut Solunum Yolu Enfeksiyonlu �ocuk ve Erişkin Hastalarda
Rinovir�s Genotiplerinin Belirlenmesi

Genotypes of Rhinoviruses in Children and Adults Patients with
Acute Respiratory Tract Infections

Eda DEMİRKAN1, Sevin KIRDAR2, Emel CEYLAN3, Ayşe YENİG�N4, İmran KURT �M�RL�5

1 Erzurum Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Erzurum.

1 Erzurum Traning and Research Hospital, Microbiology Laboratory, Erzurum, Turkey.

2 Adnan Menderes �niversitesi Tıp Fak�ltesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Aydın.�

2 Adnan Menderes University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Aydın, Turkey.

3 Adnan Menderes �niversitesi Tıp Fak�ltesi, G�ğ�s Hastalıkları Anabilim Dalı, Aydın.

3 Adnan Menderes University Faculty of Medicine, Department of Chest Diseases, Aydın, Turkey.

4 Adnan Menderes �niversitesi Tıp Fak�ltesi, �ocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı, İmm�noloji ve Allerji Bilim Dalı, Aydın.

4 Adnan Menderes University Faculty of Medicine, Department of Child Health and Diseases, Discipline of Immunology and Allergy, Aydın, Turkey.

5 Adnan Menderes �niversitesi Tıp Fak�ltesi, Biyoistatistik Anabilim Dalı, Aydın.

5 Adnan Menderes University Faculty of Medicine, Department of Biostatistics, Aydın, Turkey.

�Z

Rinovir�s (RV), t�m d�nyada akut solunum yolu enfeksiyonlarında en sık saptanan etkenlerden biridir. Vir�s, hafif seyreden soğuk algınlığının yanı sıra bağışıklık sisteminin etkilendiği veya eşlik eden hastalığı olan kişilerde daha ciddi klinik tablolara neden olabilmektedir. RV'ler molek�ler y�ntemlerle RV-A, RV-B ve RV-C olarak �� t�r altında tanımlanmıştır. Yapılan �alışmalarda RV-A ve RV-C t�rlerinin daha �ok alt solunum yolu enfeksiyonu ve astım alevlenmeleriyle ilişkili olduğu, RV-B'nin ise bu t�rlere g�re alt solunum yolu enfeksiyonlarında daha az sıklıkta yer aldığı g�sterilmiştir. Bu �alışmada, akut solunum yolu enfeksiyonu tanısı almış ve RV pozitif olarak saptanmış �rneklerde dizi analizi y�ntemiyle RV t�rlerinin belirlenmesi, RV t�rleriyle hastaların klinik tanı, yaş ve cinsiyetleri arasındaki ilişkilerin ortaya konulması ama�lanmıştır. Ek olarak, RV t�rlerinin belirlenmesinde dizi analizi y�nteminin verimliliğinin vurgulanması planlanmıştır. �niversite hastanemizde Ocak 2014-Ocak 2016 tarihleri arasında akut solunum yolu enfeksiyonu tanısıyla takip edilen �ocuk ve erişkin olmak �zere 127 hasta değerlendirilmiştir. Ticari kit ile nazofarengeal s�r�nt� �rneklerinde RV pozitifliği belirlenmiş olan hastalarda kantitatif ger�ek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile viral y�kler belirlenmiştir. Viral y�kleri belirlenemeyen 31 �rnek �alışma dışı bırakılmıştır. Viral y�kleri uygun bulunan 96 (46 erişkin, 50 �ocuk) �rnek, VP4/VP2 gen b�lgesinin hedef alındığı konvansiyonel PCR ile yeniden değerlendirilmiştir. Konvansiyonel PCR sonrası 549 baz �ifti (bp) b�y�kl�ğ�nde bant g�r�len 32'si  erişkin ve 33'� �ocuk olmak �zere toplam 65 �rneğe DNA dizi analizi yapılmıştır. "Neighbour-joining" y�ntemi kullanılarak filogenetik ağa� oluşturulmuştur. Dizi analizi yapılabilen 65 �rnek değerlendirildiğinde; 28 (%43.07) �rnekte RV-A, 7 (%10.76) �rnekte RV-B, 28 (%43.07) �rnekte RV-C; birer �rnekte ise enterovir�s (EV) t�rleri EV-D68 (%1.53) ve EV-C (%1.53) belirlenmiştir. Erişkin hasta �rneklerinin 15 (%48.3)'inde RV-A, 5 (%16.1)'inde RV-B, 11 (%35.4)'inde RV-C olarak tanımlanırken, �ocuk hastaların 13 (%40.6)'�nde RV-A, 2 (%6.3)'sinde RV-B ve 17 (%53.1)'sinde RV-C olarak tiplendirilmiştir. RV-C enfeksiyonu bronşiyolit tanılı ya da hışıltılı �ocuklarda, RV-A enfeksiyonu pn�moni tanısı almış erişkin hastalarda saptanmıştır. Hastalarda belirlenen RV t�rleri ile klinik tanı, viral y�k, yaş ve cinsiyet arasındaki ilişkiler değerlendirildiğinde; hem �ocuk hem de erişkin hastalarda belirlenen t�rler ve hastaların klinik tanıları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunamamıştır (p> 0.05). Sonu� olarak, akut solunum yolu enfeksiyonlu �ocuk ve erişkin hastalarda RV t�rlerinin ilk kez g�sterildiği bu �alışmada; t�m yaş gruplarına ait �rneklerde, RV-A ve RV-C t�rleri eşit oranlarda ve RV-B t�r�nden daha fazla saptanmıştır. �ocuk hastalarda RV-C t�r�, erişkin hastalarda ise RV-A t�r� en y�ksek oranlarda belirlenmiştir. Toplumda dolaşan RV t�rleri ve bunların yol a�tığı enfeksiyonların �neminin ortaya konmasına y�nelik daha ileri �alışmalara gereksinim vardır.

Anahtar s�zc�kler: Rinovir�s; PCR, dizi analizi; filogenetik ağa�.

ABSTRACT

Rhinovirus (RV) is one of the most frequent causative agent of acute respiratory tract infections in the world. The virus may cause a mild cold, as well as more serious clinical symptoms in patients with immune system deficiency or comorbidities. Rhinoviruses have been identified by molecular methods under three types: RV-A, RV-B and RV-C. In most of the cases, it was reported that RV-A and RV-C were related with lower respiratory tract infections and asthma exacerbations, while RV-B was rarely reported in lower respiratory tract infections. The main objective of this study was to investigate RV species by sequence analysis in nasopharyngeal samples in pediatric and adult patients who were admitted to hospital with acute respiratory tract infections and to establish the relationship between species and age,� gender and clinical diagnosis of the patients. Secondly, it was planned to emphasize the efficiency of the sequence analysis method in the determination of RV species. One hundred twenty seven patients (children and adults) who were followed up with acute respiratory tract infections in our university hospital were evaluated between January 2014 and January 2016. Viral loads were determined by quantitative real-time PCR in RV positive patients detected by a commercial kit in nasopharyngeal swab specimens. Thirty-one samples whose viral loads could not be determined were excluded from the study. The remaining 96 samples (50 children and 46 adults) were retested by conventional PCR using the target of VP4/VP2 gene region. A total of 65 samples (32 adults and 33 children) with the bands (549 bp) corresponding to the VP4/VP2 gene regions after the conventional PCR were analyzed by DNA sequencing. A phylogenetic tree was constructed using the neighbour-joining method. After sequence analysis it was determined that 28 (43.07%) were RV-A, 7 (10.76%) were RV-B and 28 (43.07%) were RV-C; and moreover one of each enterovirus (EV) species EV-D68 (1.53%) and EV-C (1.53%) were detected. The distribution of the species in adults was: 15 (48.3%) RV-A, 5 (16.1%) RV-B and 11 (35.4%) RV-C. The distribution of the species in children was 13 (40.6%) RV-A,� 2 (6.3%) RV-B and 17 (53.1%) RV-C. RV-A is more frequent in adults, while RV-C is more frequent among children. It has been observed that RV-C infection is detected in children with bronchiolitis, while RV-A infection is detected in adults with pneumonia. There was no statistically significant difference between RV species and clinical diagnosis, age and gender in both of the age groups (p> 0.05). In conclusion, this is the first study� that reports the frequency of RV species in children and adult patients with acute respiratory tract infections; the frequency of RV-A and RV-C species were found to be similar but higher than RV-B species in all age groups. RV-C and RV-A was the highest species seen in children and adult patients, respectively. There is a need for further research to identify the types of RV circulating in the community and the prevalence of infections caused by the species.

Keywords: Rhinovirus; PCR; sequencing; phylogenetic tree.

Geliş Tarihi (Received):� 03.08.2017 - Kabul Ediliş Tarihi (Accepted): 07.10.2017

GİRİŞ

Akut solunum yolu hastalıkları toplumda en yaygın g�r�len enfeksiyon hastalıklarından biri olup �ocuklar, yaşlılar ve imm�n yetmezlikli hastalarda ciddi ve yaşamı tehdit eden klinik bulgulara neden olabilmektedir.� Akut solunum yolu enfeksiyonlarında %50'den fazla oranda vir�sler sorumlu olup bunlar arasında en sık rinovir�sler (RV), solunum sinsityal vir�s� (RSV), influenza (INF) ve parainfluenza (PIV) vir�sleri yer almaktadır1,2.

RV, genellikle hafif �st solunum yolu enfeksiyonu ve soğuk algınlığına neden olmaktadır3. Soğuk algınlığı olgularının yaklaşık %50'sinden RV'lerin sorumlu olduğu bilinmektedir. Son yıllarda, astım, kistik fibrozis (KF) ve kronik obstr�ktif akciğer hastalığı (KOAH) alevlenmelerinde, yaşlı ve imm�n yetmezlikli erişkin hastalarda �l�mc�l seyredebilen pn�moni, bebeklerde bronşiyolit gibi alt solunum yolu enfeksiyonlarında da RV'ler etken olarak tanımlanmaktadır4.

RV'lerin n�tralizasyon testiyle belirlenebilen 100'den fazla serotipi ve kapsid proteinlerinin dizi analiziyle saptanmış RV-A, RV-B ve RV-C olmak �zere �� t�r� vardır5. Bunlardan RV-A ve RV-C t�rleriyle bronşiyolit, astım ve pn�moni gibi ciddi akut solunum yolu enfeksiyonları arasında bir ilişki olduğu bildirilmiştir5,6. �zellikle RV-C t�r�n�n �ocuk hastalarda daha şiddetli enfeksiyonlara neden olduğu bildirilmiştir7,8.� G�n�m�zde RV-A t�r�ne ait 80, RV-B t�r�ne ait 32 ve RV-C t�r�ne ait 54 olmak �zere 150'nin �zerinde genotip belirlenmiştir3.

G�n�m�zde solunum yolu �rneklerinden vir�slerin belirlenmesinde molek�ler y�ntemler, �zellikle en fazla ger�ek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Rt-PCR) y�ntemi kullanılmaktadır. İyi korunmuş bir b�lge olması nedeniyle RV genomunun 5'-UTR ve VP4/VP2 b�lgeleri molek�ler y�ntemlerde hedef b�lgeler olarak kullanılmaktadır3.� Son yıllarda VP4/VP2 b�lgesini hedef alan molek�ler PCR y�ntemleri ile �� farklı RV t�r�n� belirleyen �ok sayıda �alışma yapılmıştır3,4,9,10.

�Bu �alışmada, akut solunum yolu enfeksiyonu tanısı almış ve RV pozitif olarak saptanmış �rneklerde dizi analizi y�ntemiyle RV t�rlerinin belirlenmesi, RV t�rleri ile hastaların klinik tanı, yaş ve cinsiyetleri arasındaki ilişkilerin ortaya konulması ama�lanmıştır. Ek olarak, RV t�rlerinin belirlenmesinde dizi analizi y�nteminin verimliliğinin vurgulanması planlanmıştır.�

GERE� ve Y�NTEM

Hasta Grubu ve �rnekler

Bu �alışma, Adnan Menderes �niversitesi Girişimsel Olmayan Klinik Araştırmalar Etik Kurul onayı (27.08.2013/268) alınarak ger�ekleştirildi. �alışmada, Ocak 2014-Ocak 2016 tarihleri arasında Adnan Menderes �niversitesi Hastanesi �ocuk Hastalıkları ve G�ğ�s Hastalıkları polikliniklerine başvuran ve �ocuk hastalıkları, g�ğ�s hastalıkları ve hematoloji-kemik iliği servislerinde akut solunum yolu enfeksiyonu tanısıyla takip edilen hastalar değerlendirildi. Hastaların klinik, yaş ve cinsiyet gibi demografik verileri ve klinik tanıları hastane veri tabanından alındı. 

İki ticari kit; "FTD Respiratory pathogens 21 (Qiagen, L�ksemburg)" ve "Anyplex� II RV16 Detection V1.1 (SeeGene, G�ney Kore)" kullanılarak RV pozitifliği belirlenmiş 127 hastaya ait nazofarengeal s�r�nt� �rneği �alışmaya dahil edildi. �rneklerdeki viral y�kleri belirlemek amacıyla kantitatif ger�ek zamanlı PCR uygulandı ve viral y�kleri belirlenemeyen 31 �rnek �alışma dışı bırakıldı. Viral y�kleri uygun bulunan 96 (46 erişkin, 50 �ocuk) �rnek, VP4/VP2 gen b�lgesinin hedef alındığı konvansiyonel PCR ile yeniden değerlendirildi. Konvansiyonel PCR sonrası 549 bp b�y�kl�ğ�nde bant g�r�len 32'si  erişkin ve 33'� �ocuk olmak �zere toplam 65 �rneğe DNA dizi analizi yapıldı.

RV PCR

Nazofarengeal s�r�nt� �rneklerinden RNA izolasyonu, ticari RNA izolasyon kiti "RibospinTM vRD II Viral RNA Purification (GeneAll Biotechnology, G�ney Kore)" ile �retici firmanın talimatları doğrultusunda yapıldı. �rneklerdeki RV'lerin viral y�kleri, kantitatif ger�ek zamanlı PCR sistemi olan LightCycler� 480 RNA Master Hydrolysis Probes kiti (Roche Diagnostics, Almanya) ile LightCycler�480 (Roche Diagnostics, Almanya) cihazında melting analiziyle belirlendi. Rt-PCR i�in se�ilmiş primerler; �nc�l primer (5'-CCCCTGAATGYGGCTAA-3', tm: 55-60) ve revers primer (5'-GAAACACGGACACCCAAAGTA-3', tm: 59) kullanılarak tek aşamalı olarak �oğaltıldı. cDNA sentezi sonrasında 95�C'de 30 saniye denat�rasyonu takiben, 95�C'de 10 saniye denat�rasyon, 57�C'de 30 saniye primer birleşmesi ve 72�C'de 5 saniye uzamayı i�eren 40 PCR d�ng�s� uygulandı. LightCycler 480 yazılımında CT değerleri cihaz tarafından otomatik hesaplandı ve pozitif �rneklerin melting analizi ile verdiği melting pikleri kontrol edildi.

Dizi Analizi

Kantitatif PCR sonrasında elde edilen �r�nlerdeki bantlar uygulanan konvansiyonel PCR ile g�sterildi. PCR i�in VP4/VP2 gen b�lgesine ait �nc�l primeri (5'GGGACCAACTACTTTGGGTGTCCGTGT-3') ve revers primeri (5' GCATCIGGYARYTTCCACCACCANCC-3') kullanılarak, 95�C'de 2 dakika ilk denat�rasyonu takiben, 95�C'de 30 saniye denat�rasyon, 55�C'de 30 saniye birleşme ve 72�C'de 40 saniye uzamayı i�eren 35 d�ng� uygulandı10. PCR �r�nleri %1.2'lik agaroz jelde y�r�t�lerek kontrol edildi. �oğaltılan gen b�lgesine ait 549 bp b�y�kl�ğ�nde bant saptanan PCR �r�nleri "DNA Clean & Concentrator�-25 (Zymo Research Corp, Irvine, ABD)" kiti ile �retici firmanın �nerileri doğrultusunda saflaştırıldıktan sonra, elde edilen PCR �r�nlerine "BigDye� Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, ABD)" ile ikinci t�r sens primeri kullanılarak dizi analizi ger�ekleştirildi. Dizi analizi uygulanan PCR �r�nleri "ZR DNA Sequencing Clean-up Kit� (Zymo Research Corp, Irvine, ABD)" kit ile ikinci kez saflaştırıldı ve ABI Prism 3100/3100 (Thermo Fischer Scientific) cihazına y�klenerek �ift y�nl� olarak dizi analizi ger�ekleştirildi. VP4/VP2 kapsid kodlayan b�lgesinin yaklaşık 400 bp uzunluğundaki kısmı "BioEdit v7.0.5 (CA, ABD)" yazılımı kullanılarak referans dizilerle karşılaştırıldı ve RV-A, RV-B ve RV-C t�rleri belirlendi. Bu dizilerin filogenetik karşılaştırması Geneious 9.1.3 programı kullanılarak ger�ekleştirildi. Filogenetik ağa� "Neighbour-Joining" y�ntemiyle oluşturuldu. Filogenetik analize dahil edilen suşlara ait dizilerin Gen Bankası erişim numaraları; RV-A12: EF173415, RV-A22: FJ445122, RV-A78: FJ445183, RV-B48: DQ473488, RV-B86: FJ445164, RV-C23: EU752424, RV-C pat10: EU590054 olarak belirlendi. �alışmada RV-A, RV-B ve RV-C t�rlerine ait pozitif kontrol olarak, G�ney Kıbrıs Archbishop Makarios Hastanesinden sağlanan G�ney Kıbrıs 103, 277 ve 424 suşları kullanıldı.

İstatistiksel Analiz

Kantitatif değişkenlerin normal dağılıma uygunluğu Kolmogorov-Smirnov testi ile incelendi. Kantitatif değişiklikler bakımından gruplar arası farklılığı araştırırken; normal dağılım g�sterenler i�in bağımsız iki �rneklem T testi, normal dağılım g�stermeyenler i�in Mann-Whitney U testi uygulandı. Normal dağılım g�steren kantitatif değişkenler i�in tanımlayıcı istatistikler ortalama � standart sapma şeklinde belirtildi. Normal dağılım g�stermeyen kantitatif değişkenler i�in ise medyan (%25-75) olarak belirtildi. Kalitatif değişkenler bakımından gruplar arası farklılığın incelenmesinde kesin olasılıklı ki-kare testi uygulandı ve tanımlayıcı istatistikler frekans olarak verildi. p< 0.05 değeri istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi.

BULGULAR

�alışmamızda 33 �ocuk hastanın yaş medyan değeri 12 ay (4.44-45), 32 erişkin hastanın yaş ortalamaları 57.63 � 15.68 yıl olarak belirlenmiştir. Erkek/kadın (33/32) olgu oranı birbirine eşit olarak bulunmuştur. �ocuk hasta grubunu; akut �st solunum yolu enfeksiyonu (�SYE) (n= 5), akut bronşiyolit/hışıltı (n= 16), pn�moni (n= 4) ve astım (n= 8) tanısı olan olgulara ait �rnekler oluşturmuştur. Erişkin olgu grubunu 20'si  akut �SYE, d�rd� pn�moni, sekizi astım-KOAH tanısı olan hasta �rnekleri oluşturmuştur.

T�m hasta �rnekleri değerlendirildiğinde; 28 (%43.07) �rnekte RV-A, 7 (%10.76) �rnekte RV-B, 28 (%43.07) �rnekte RV-C; bir �rnekte ise EV-D68 (%1.53) ve bir �rnekte EV-C (%1.53) belirlenmiştir. Erişkin hasta �rneklerinin 15 (%48.3)'i RV-A, 5 (%16.1)'i RV-B, 11 (%35.4)'i RV-C olarak tanımlanırken, �ocuk hastaların 13 (%40.6)'� RV-A, 2 (%6.3)'si RV-B ve 17 (%53.1)'si RV-C olarak tiplendirilmiştir (Şekil 1). �ocuk hasta grubu �rneklerinde RV-C diğer RV t�rlerinden daha y�ksek oranda iken; erişkin hasta grubunda RV-A'nın daha y�ksek oranda olduğu belirlenmiştir. Erişkin ve �ocuk olgu grupları ile ayrı ayrı yapılan değerlendirmelerde, belirlenen RV'lerin t�r� ile yaş arasında anlamlı bir ilişki (sırasıyla p= 0.273; p= 0.457) saptanmamıştır.


Şekil 1

�ocuk olgu grubunda akut �SYE tanısı alan 5 (%15) hastanın nazofarenks �rneklerinden 2 (%6)'sinde RV-A, 3 (%10)'�nde RV-C belirlenirken RV-B saptanmamıştır. D�rt (%12) pn�monili olgudan 1 (%3) �rnekte RV-A, 1 (%3) �rnekte RV-B ve 2 (%6) �rnekte RV-C belirlenmiştir. On altı (%48) adet bronşiyolit/hışıltılı olgulara ait �rneklerde RV-A %15, RV-B %3 ve RV-C %28; 8 (%24) astımlı olgu �rneğinde RV-A %15 ve RV-C %10 oranlarında belirlenmiştir (Tablo I).


Tablo I

Erişkin olgu grubunda akut �SYE tanısı alan 13 (%40.6) hastanın nazofarengeal �rneklerinden 5 (%38)'inde RV-A, 2 (%15) hastada RV-B ve 5 (%38) hastada RV-C saptanmamıştır. On iki (%37) pn�monili olguya ait 7 (%58) �rnekte RV-A, 3 (%25) �rnekte RV-B ve 2 (%17) �rnekte RV-C belirlenmiştir. Yedi (%21) KOAH-astım olgusunda 3 (%14) �rnekte RV-A ve 4 (%19) �rnekte RV-C saptanmıştır (Tablo II).


Tablo II

Filogenetik analiz sonucunda RV-A, RV-B ve RV-C t�rlerinde izolatların kendi grupları i�erisinde birbirlerine yakın yerleştiği g�r�lm�şt�r. RV-A izolatları iki dikey grupta ayrılarak birbirinden uzak iki grup oluşturmuştur. Ayrıca, bazı A ve C izolatlarının t�m gruptan ayrı ve evrimsel olarak biraz uzakta dallanmış oldukları g�zlenmiştir (Şekil 2).


Şekil 2

Hastalarda belirlenen RV t�rleri ile klinik tanı, viral y�k, yaş ve cinsiyet arasındaki ilişkiler değerlendirildiğinde, hem �ocuk hem de erişkin hastalarda belirlenen t�rler ve hastaların klinik tanıları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmamıştır (p> 0.05).

RV enfeksiyonunun t�m hasta grubunda ve t�r ayırımı yapıldıktan sonra en fazla Eyl�l-Ocak ayları arasında ve en y�ksek oranda Kasım ayında g�r�ld�ğ� belirlenmiştir (Şekil 3). RV t�rlerinin mevsimsel dağılımı incelendiğinde, RV-A t�r�n�n Mayıs ve Ekim-Kasım aylarında, RV-B t�r�n�n Kasım-Şubat arasında ve RV-C'nin Eyl�l-Kasım arasında pik yaptığı g�zlenmiştir. Erişkin hasta grubunda t�m RV'ler sonbahar, kış ve ilkbahar aylarında, �ocuk hasta grubunda ise en fazla kasım ve eyl�l aylarında saptanmıştır.


Şekil 3

TARTIŞMA

RV enfeksiyonları, diğer solunum yolu vir�sleri ile gelişen enfeksiyonlara oranla daha hafif seyirlidir, ancak bağışıklık sisteminin etkilendiği veya eşlik eden hastalığı olan kişilerde daha ciddi klinik tabloya neden olabilmektedir. �ok sayıda serotipinin olması nedeniyle koruyucu aşının geliştirilememiş olması, toplumda enfeksiyonun kontrol�n� zorlaştırmaktadır11. Bu �alışmada, akut solunum yolu enfeksiyonu ile takip edilen hastalardan alınan nazofarenks �rneklerinde saptanan RV t�rleri araştırılmıştır. Dizi analizi i�in uygun olan 65 �rnekten 28 (%43.07)'inde RV-A, 7 (%10.76)'sinde RV-B, 28 (%43.07)'inde RV-C t�rleri; birer �rnekte enterovir�s (EV) t�rleri, EV-D68 (%1.53) ve EV-C (%1.53) belirlenmiştir.�

RV t�m d�nyada akut solunum yolu enfeksiyonlarının yaklaşık %50'sinden sorumlu olan bir patojendir1. �lkemizde yapılan araştırmalarda, RV g�r�lme sıklığının %21.4-35.8 arasında olduğu bildirilmiştir12-14. RV t�rleri, vir�s�n prevalansı ve saptanma oranları araştırmalarının yapıldığı coğrafi b�lgelere g�re farklılıklar g�stermektedir. Son yıllarda Avrupa �lkelerinde dizi analizi ile RV t�rlerinin belirlendiği bir�ok araştırmada, olguların %45-60'ında RV-A, %35-45'inde RV-C ve %5-10'unda RV-B t�rleri etken olarak saptanmıştır15-17. �alışmamızda saptanan RV-A ve RV-C g�r�lme sıklığı (%43.07), Onyongo ve arkadaşlarının18 araştırmalarında belirlemiş oldukları (%47 HRV-A, %48 HRV-C) oranlarıyla benzer bulunmuştur. RV t�rlerinin sıklığının araştırıldığı farklı �alışmalarda da RV-A ve RV-C t�rlerinin g�r�lme sıklığı RV-B'ye g�re daha y�ksek oranlarda belirlenmiştir19-21. Bahsedilen araştırmalarda bildirilenlere benzer şekilde olgu grubumuzun t�m� ele alındığında, �alışmamızda da RV-A ve RV-C t�rleri, RV-B'ye g�re daha sık olarak saptanmıştır.� Bununla birlikte, bulgularımızdan farklı olarak RV-A t�r�n�n RV-B ve RV-C'den daha yaygın olarak saptandığı �eşitli araştırmalarda bildirilmiştir3,4,22.

Erişkin ve �ocuk olgu gruplarımız ile ayrı ayrı yapılan değerlendirmelerde, belirlenen RV'lerin t�r� ile yaş arasında anlamlı bir ilişki saptanmamıştır (p> 0.05). �ocuk hasta grubunun �rneklerinde RV-C diğer RV t�rlerinden daha y�ksek sıklıkta bulunurken; erişkin hasta grubumuzda RV-A'nın daha y�ksek sıklıkta olduğu belirlenmiştir. Avustralya ve İtalya'dan bildirilen iki araştırmada, �alışmamızdaki sonu�larla uyumlu olarak �ocuk hastalarda RV-C, diğer RV t�rlerinden y�ksek oranda bulunmuştur7,23. Bazı �alışmalarda ise RV-A'nın �ocuklarda daha yaygın olarak saptandığı bildirilmiştir3,24. Cinsiyet ile RV t�rleri arasındaki ilişki değerlendirildiğinde, literat�rde bildirilen araştırmalar ile benzer şekilde anlamlı bir ilişki saptanmamıştır3,25.

�alışmamızda, hem erişkin hem de �ocuk hasta gruplarında ayrı ayrı yapılan değerlendirmede, klinik tanı ile RV t�rleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki saptanmamıştır (p> 0.05). Bu �alışmadaki sonu�larla benzer şekilde, Fransa26, Tayland27 ve Latin Amerika'da28 yapılan �alışmalarda da klinik tanı ve t�rler arasında anlamlı bir ilişki bulunmamıştır. Bunun yanı sıra, RV t�rleri ile klinik tanı arasında ilişki bulunduğunu g�steren �alışmalar da bulunmaktadır4,29. Bazı araştırmacılar, RV-C'nin �zellikle astım ve kistik fibrozisli k���k �ocuklarda diğer RV t�rlerine g�re daha ağır kliniğe neden olduğunu ileri s�rm�şlerdir4,30,31. �ocuk grubumuzda RV'ler %48 olguda bronşiyolit, %24 olguda astım ve %12 olguda pn�moni gibi ciddi klinik tablolara yol a�tığı halde ancak %15'inde akut �SYE kliniği bulunmuştur. RV-C, astım dışı grupta daha y�ksek oranda iken, RV-A astımda daha sık saptanan etken olmuştur.

Bazı �alışmalar, erişkin hasta grubunda RV-A t�r� ile ciddi solunum yolu enfeksiyonu arasında anlamlı bir ilişkili saptadığı halde �ocuk hastalarda b�yle bir ilişki bulunamamıştır4,25. Brezilya'da yapılan bir �alışmada ise hem erişkin hem de �ocuk yaş grubunda RV-A t�r�n�n daha şiddetli �SYE ile ilişkili olduğu ileri s�r�lm�şt�r25. Erişkin hasta grubumuzda RV'ler %40 oranında akut �SYE; %60 oranında ise astım, KOAH ve pn�moni gibi ciddi klinik tablolarla ilişkili bulunmuştur. RV t�rleri klinik tanıya g�re değerlendirildiğinde, pn�moni tanısında RV-A t�r� y�ksek oranda bulunmuştur; diğer klinik tablolarda RV-A ve RV-C eşit oranlarda saptanmıştır.

RV genomunun 5'-UTR ve VP4/VP2 b�lgeleri molek�ler y�ntemlerde kullanılan uygun hedef b�lgeleri olarak belirlenmiştir. VP4/VP2 b�lgesi kullanılarak yapılan dizi analizi ile RV t�r/alt t�r ayrımı yapılabilirken, 5'UTR b�lgesi ile oluşturulan filogenetik ağa� HRV-A ve HRV-C t�rlerinden oluşan karışık grupları g�stermekte ve ayrım yapamamaktadır. VP4/VP2 b�lgesi, iyi korunmuş olması ve �� RV t�r�n�n aynı primer seti ile �oğaltılabilmesi nedeniyle epidemiyolojik �alışmalarda yaygın olarak kullanılmaktadır3. �alışmamızda VP4/VP2 gen b�lgesi filogenetik analizi sonucunda, ilimizde her �� t�r�n hastalar arasında etken olduğu, dolaşımda bulunan t�rlerden farklı olarak nadir k�kenlerin bulunduğu ve �� RV t�r� ile klinik tanılar arasında filogenetik ilişki olmadığı belirlenmiştir. Ek olarak RV t�rlerinin filogenetik analizinde VP4/VP2 gen b�lgesinin, RV t�rlerinin ayrımında değerli olduğu saptanmıştır.

Ger�ek zamanlı multipleks PCR ile RV olarak belirlenen iki �rnek, filogenetik analiz sonucunda EV-D68 ve EV-C olarak tanımlanmıştır. Benzer şekilde Kenya'da ve Amerika'da yapılan iki �alışmada ger�ek zamanlı multipleks PCR ile RV olarak belirlenen hastalara ait �rneklerde filogenetik analiz ile EV-D68 g�zlenmiştir2,18. �alışmamızda ilk kez akut �SYE olan bir erişkin hastada EV-D68 belirlenmiştir. Bilgilerimize ve ulusal yayınlara g�re EV-D68'in hava yolu �rneklerinde saptandığına ilişkin ulusal bir veri bulunmamaktadır32.

RV t�rlerinin mevsimsel dağılımı ile ilgili �alışmalarda, t�rler arasında bazı farklılıklar g�zlenmiştir. RV-A t�r�n�n ilkbahar ve sonbaharda, RV-C t�r�n�n sonbahar ve kış aylarında daha fazla g�r�lebildiği bildirilmektedir2. �alışmamızda ise, RV-A Mayıs ve Ekim-Kasım aylarında, RV-B Kasım-Şubat aylarında, RV-C Eyl�l-Kasım ayları arasında en fazla g�zlenmiştir. �ocuk grubunda yapılan değerlendirmelerde genellikle RV-A'ların yıl boyunca; RV-C'nin sonbahar ve kış aylarında daha yoğun g�r�lebildiği bildirilmiştir.

Sonu� olarak, bu �alışma ile �lkemizde ilk defa RV t�rlerinin bulunduğumuz şehirdeki epidemiyolojisi ortaya konmaya �alışılmıştır. T�m yaş gruplarına ait �rneklerde, RV-A ve RV-C t�rleri eşit oranda ve RV-B t�r�nden daha fazla saptanırken; �ocuk hastalarda RV-C t�r�, erişkin hastalarda ise RV-A t�r� en y�ksek oranlarda belirlenmiştir. RV-C enfeksiyonunun bronşiyolit tanılı ya da hışıltılı �ocuklarda, RV-A enfeksiyonunun pn�moni tanısı almış erişkin hastalarda saptandığı g�zlenmiştir. Ayrıca, RV t�rlerinin filogenetik analizinde VP4/VP2 gen b�lgesinin dizi analizinin �� RV t�r�n� ayırt etmek i�in uygun bir y�ntem olduğu belirlenmiştir. RV enfeksiyonlarının epidemiyolojisi ve patogenezinin daha iyi anlaşılmasını sağlamak amacıyla farklı merkezlerde ve daha geniş hasta pop�lasyonları ile yapılacak �alışmalar ile verilerimizin desteklenmesine gereksinim vardır.

KAYNAKLAR

  1. Royston L, Tapparel C. Rhinoviruses and respiratory enteroviruses: not as simple as ABC. Viruses 2016; 8(1): 16.
  2. Troy NM, Bosco A. Respiratory viral infections and host responses; insights from genomics. Respir Res 2016; 17: 156.
  3. Richter J, Nikolaou E, Panayiotou C, Tryfonos C, Koliou M, Christodoulou C. Molecular epidemiology of rhinoviruses in Cyprus over three consecutive seasons. Epidemiol Infect 2015; 143(9): 1876-83.
  4. Chen WJ, Arnold JC, Fairchok MP, et al. Epidemiologic, clinical, and virologic characteristics of human rhinovirus infection among otherwise healthy children and adults: Rhinovirus among adults and children. J Clin Virol 2015; 64: 74-82.
  5. To KKW, Yip CCY, Yuen KY.� Rhinovirus-from bench to bedside. J Formos Med Assoc 2017; 116: 496-504.
  6. Midulla F, Pierangeli A, Cangiano G, et al. Rhinovirus bronchiolitis and recurrent wheezing: 1-year follow-up. Eur Respir J 2012; 39(2): 396-402.
  7. Bizzintino J, Lee WM, Laing IA, et al. Association between human rhinovirus C and severity of acute asthma in children. Eur Respir J 2011; 37(5): 1037-42.
  8. Dagher H, Donninger H, Hutchinson P, Ghidyal R, Bardin P. Rhinovirus detection: comparison of real-time and conventional PCR. J Virol Methods 2004; 117(2): 113-21.
  9. Xiang Z, Gonzalez R, Zhengde X, et al. Human rhinovirus group C infection in children with lower respiratory tract infection. Emerg Infect Dis 2008; 14(10): 1665-7.
  10. Savolainen C, Mulders MN, Hovi T. Phylogenetic analysis of rhinovirus isolates collected during successive epidemic seasons. Virus Res 2002; 85(1): 41-6.
  11. Fendrick AM, Monto AS, Nightengale B, Sarnes M. The economic burden of non-influenza-related viral respiratory tract infection in the United States. Arch Intern Med 2003; 163(4): 487-94.
  12. Ak�alı S, Yılmaz N, G�ler �, Şanlidağ T, Anıl M. Alt solunum yolu enfeksiyonu olan �ocuklarda solunum yolu viral etkenlerinin sıklığı. Turk Pediatri Ars 2013; 48(3): 215-20.
  13. Sancaklı �, Yenig�n A, Kırdar S. Alt solunum yolu enfeksiyonunda nazofaringeal �rneklerde polimeraz zincir reaksiyonu sonu�ları. J Pediatr Inf 2012; 6(3): 84-9.
  14. �icek C, Bayram N, Anıl M, et al. Simultaneous detection of respiratory viruses and influenza A virus subtypes using multiplex� PCR. Mikrobiyol Bul 2014; 48(4): 652-60.
  15. Wisdom A, Leitch EM, Gaunt E, Harvala H, Simmonds P. Screening respiratory samples for detection of human rhinoviruses (HRVs) and enteroviruses: comprehensive VP4-VP2 typing reveals high incidence and genetic diversity of HRV species C. J Clin Microbiol 2009; 47(12): 3958-67.
  16. Peltola V, Jartti T, Putto-Laurila A, et al. Rhinovirus infections in children: A retrospective and prospective hospital-based study. J Med Virol 2009; 81(10): 1831-8.
  17. Calvo C, Casas I, Garc�a-Garc�a ML, et al. Role of rhinovirus C respiratory infections in sick and healthy children in Spain. Pediatr Infect Diseas J 2010; 29(8): 717-20.
  18. Onyango CO, Welch SR, Munywoki PK, et al. Molecular epidemiology of human rhinovirus infections in Kilifi, coastal Kenya. J Med Virol 2012; 84(5): 823-31.
  19. Arakawa M, Okamoto-Nakagawa R, Toda S, et al. Molecular epidemiological study of human rhinovirus species A, B and C from patients with acute respiratory illnesses in Japan. J Med Microbiol 2012; 61(Pt 3): 410-9.
  20. Franco D, Delfraro A, Abrego L, et al. High genetic diversity and predominance of rhinovirus A and C from Panamanian hospitalized children under five years with respiratory infections. Virol J 2012; 9: 257.
  21. Naoko Kiyota,  Kobayashi M, Tsukagoshi H, et al. Genetic analysis of human rhinovirus species A to C detected in patients with acute respiratory infection in Kumamoto prefecture, Japan 2011-2012. Infect Genet Evol� 2014; 21: 90-102.
  22. To KK, Lau SK, Chan KH, et al. Pulmonary and extrapulmonary complications of human rhinovirus infection in critically ill patients. J Clin Virol 2016; 77: 85-91.
  23. Pierangeli A, Ciccozzi M, Chiavelli S,  et al. Molecular epidemiology and genetic diversity of human rhinovirus affecting hospitalized children in Rome. Med Microbiol Immunol 2013; 202(4): 303-11.
  24. Espinola E, Russomando G, Aquina C, Basualdo W. Phylogeny-based classi�cation of human rhinoviruses detected in hospitalized children with acute lower respiratory infection in Paraguay, 2010-2011. J Med Virol 2013; 85(9): 1645-51.
  25. Watanabe ASA, Carraro E, Candeias JM, et al. Viral etiology among the elderly presenting acute respiratory infection during the influenza season. Rev Soc Bras Med Trop 2011; 44(1): 18-21.
  26. Henguell C, Mirand A, Deusebis AL, et al. Prospective genotyping of human rhinoviruses in children and adults during the winter of 2009-2010. J Clin Virol 2012; 53(4): 280-4.
  27. Fry AM, Lu X, Olsen SJ, et al. Human rhinovirus infections in rural Thailand: epidemiological evidence for rhinovirus as both pathogen and bystander. PloS One 2011; 6(3): e17780.
  28. Garcia J, Espejo V, Nelson M, et al. Human rhinoviruses and enteroviruses in influenza-like illness in Latin America. Virol J 2013; 10305.
  29. Iwane MK, Prill MM, Lu X, et al. Human rhinovirus species associated with hospitalizations for acute respiratory illness in young US children. J Infect Dis 2011; 204(11): 1702-10.
  30. Almeida MB, Zerbinati RM, Tateno AF, et al. Rhinovirus C and respiratory exacerbations in children with cystic fibrosis. Emerg Infect Dis 2010; 16(6): 996-9.
  31. Huang T, Wang W, Bessaud M, et al. Evidence of recombination and genetic diversity in human rhinoviruses in children with acute respiratory infection. PLoS One 2009; 4(7): e6355.
  32. Altındiş M, Dal T. Yeni bir viral tehdit: Enterovir�s D68. Turk Hij Den Biyol Derg 2016; 73(3): 293-302.

İletişim (Correspondence):

Prof. Dr. Sevin Kırdar,

Adnan Menderes �niversitesi Tıp Fak�ltesi,

Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı,

Aydın, T�rkiye.

Tel (Phone): +90 256 212 1850,

E-posta (E-mail): sevikirdar@yahoo.com

Yazdır