Yazdır

�zg�n �alışma/Original Article
Mikrobiyol Bul 2019; 53(2): 204-212

Candida T�r Tayininde Rutinde Yaygın Olarak Kullanılan Y�ntemlerle
Yeni Kullanılmaya Başlayan MALDI Tof-Ms ve Molek�ler Y�ntemlerin
Sonu� Verme S�releri, Maliyetleri ve G�venilirliklerinin Karşılaştırılması

A Comparison of the Costs, Reliability and Time of Result Periods of
Widely Used Methods, New Molecular Methods and MALDI Tof-Ms in the
Routine Diagnosis of Candida Strains

El�in KAL �AKMAKLIOĞULLARI1, Nergis AŞGIN1, Kenan DEĞERLİ2

1 Karab�k �niversitesi Tıp Fak�ltesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Karab�k.

1 Karab�k University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Karab�k, Turkey.

2 Celal Bayar �niversitesi Tıp Fak�ltesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Manisa.

2 Celal Bayar University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Manisa, Turkey.

Bu �alışma, Karab�k �niversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından KB�-BAP-16/1-KP-243 no'lu proje ile desteklenmiştir.

�Z

Son yıllarda Candida cinsi mayaların t�r tayininin hızlı ve doğru yapılması t�rler arasında antifungal tedaviye yanıtın farklılık g�stermesi nedeniyle b�y�k �nem taşımaktadır. G�n�m�zde imm�n sistemi baskılayan bir�ok hastalık ve uygulanan tedaviler sonrasında mantar enfeksiyonları �n plana �ıkmaktadır. Bu �alışmada insanlarda en sık mantar enfeksiyonu etkeni olan Candida t�rlerinin tayininde kullanılan y�ntemlerin doğruluk, maliyet ve sonu� verme s�relerini karşılaştırmak ama�lanmıştır. �alışmaya, Temmuz 2016-Aralık 2017 tarihlerinde Karab�k �niversitesi Eğitim Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına g�nderilen, �eşitli klinik �rneklerden kanlı agar (Becton Dickinson, ABD) veya Sabouraud dekstroz agar (SDA) (Oxoid, İngiltere)'da �reyen, koloni morfolojisi ve mikroskobik g�r�n�m� ile maya olduğuna karar verilen ve tam otomatize tanımlama sistemi Phoenix� Yeast ID Panel (Becton Dickinson Diagnostics, ABD) ile Candida t�r� olarak tanımlanan 91 maya izolatı dahil edilmiştir. İzolatlar ayrıca ITS1 (ileri) 5'-TCC GTA GGT GAA CCT GCG G-3' ve ITS4 5'-TCC TCC CGC TTC TTG ATA TGC-3' (Iontek, T�rkiye) primerleri kullanılarak dizi analizi ve "Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI TOF-MS)" sistemleri ile de tanımlanmıştır. Dizi analizi altın standart y�ntem olarak kabul edilmiş ve sonu�lar Candida t�r tanımlamasında doğruluk �l��t�ne g�re MALDI TOF-MS ve Phoenix� Yeast ID Panel sonu�larıyla karşılaştırılmıştır. �alışmaya dahil edilen 91 Candida izolatının DNA dizi analizi sonu�larına g�re; 24'� Candida albicans, 20'si Candida tropicalis, 16'sı Candida parapsilosis, 13'� Candida glabrata, yedisi Candida kefyr, altısı Candida krusei, ikişer tanesi Candida dubliniensis, Candida guilliermondi ve biri Candida lusitaniae olarak saptanmıştır. Molek�ler DNA dizi analizi sonu�larına g�re tam otomatize sistem Phoenix� ve MALDI TOF-MS sisteminin sırasıyla %92.3 ve %97.8 olarak doğru tanımlama yaptığı saptanmıştır. Doğruluğun yanı sıra maliyet ve sonu� verme s�releri �alışmamızda kullanılan �� y�ntem arasında karşılaştırılmıştır. �� tanımlama y�ntemi i�in cihaz maliyeti hari� test başına maliyetleri ve SDA agarda saf olarak �retildikten sonraki sonu�lanma s�releri karşılaştırıldığında en d�ş�k maliyetli ve en kısa s�rede sonu� veren sistemin MALDI TOF-MS olduğu bulunmuştur. Bazı Candida t�rlerindeki antifungal diren� varlığı erken tedaviye başlama a�ısından t�r d�zeyinde tanımlamanın �nemini �n plana �ıkarmıştır. MALDI TOF-MS sisteminin y�ksek doğru tanımlama performansına sahip olması, d�ş�k maliyetli ve dakikalar i�inde sonu� veriyor olması ile hızlı bir şekilde başlanacak antifungal tedavi kararının verilmesine olanak tanıyacaktır. B�ylece mortalite, morbidite ve maliyet oranlarında azalma sağlanacaktır. Sonu� olarak, MALDI TOF-MS sisteminin hızlı, g�venilir ve test başı maliyetinin d�ş�k olması nedeniyle rutin laboratuvarlarda kullanımının yaygınlaşmasının uygun olacağı kanaatindeyiz.

Anahtar kelimeler: Candida; t�r tanımlama; MALDI TOF-MS; molek�ler dizi analizi; Phoenix� Yeast
ID Panel.

ABSTRACT

In recent years, the fast and accurate identification of the Candida species is of great importance as the response to antifungal treatment differs among species. Following the treatment of several immunosuppressive diseases, fungal infections can emerge. The aim of this study was to compare the accuracy, costs and time of result periods of the methods used in the identification of the most common human fungal infectious agent, Candida strains. From various clinical samples sent to the Microbiology Laboratory of Karabuk University Training and Research Hospital between July 2016-December 2017, a total of 91 yeast isolates cultivated in blood agar (Becton Dickinson, USA) and/or Sabouraud dextrose agar (SDA-Oxoid, UK),� confirmed with colony morphology and microscopic appearance, identified as Candida species with a fully automated identification system (Phoenix� Yeast ID Panel, Becton Dickinson Diagnostics, USA) were included in the study. All the samples were examined with sequence analysis using ITS1 forward 5'-TCC GTA GGT GAA CCT GCG G-3' and ITS4 reverse 5'-TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC-3' primers (Iontek, Turkey) and the matrix-assisted laser desorption-ionisation time of flight mass spectrometry (MALDI TOF-MS) systems. Molecular sequence analysis was accepted as the gold standard method and the results were compared with those of the other methods� MALDI TOF-MS and Phoenix� Yeast ID Panel in respect of the accuracy of the identification of Candida strains. According to the results of the DNA sequence analysis of the 91 Candida isolates included in the study, 24 were identified as Candida albicans, 20 Candida tropicalis, 16 Candida parapsilosis, 13 Candida glabrata, seven Candida kefyr, six Candida krusei, two of each Candida dubliniensis, Candida guilliermondi and one Candida lusitaniae. Compared to the results of the DNA sequence analysis, the accurate identification of the fully automated Phoenix� system and the MALDI TOF-MS system was found as 92.3% and 97.8%, respectively. In addition to accuracy, costs and time of result periods of the three methods were also compared. Disregarding the cost of the device in the 3 methods, when the comparison was made of the cost per test and the time to results after pure production in SDA agar, the MALDI TOF-MS system was determined to have the lowest costs and provided results in the shortest time. As some of the Candida strains have antifungal resistance, identification of the strains must be a priority in respect of starting early treatment. The MALDI TOF-MS system has high performance in accurate identification, low costs and the system provides the results within minutes, thereby allowing immediate decision to be made for the antifungal treatment to be started. Thus, the morbidity, mortality and cost rates will be reduced. In conclusion, as the MALDI TOF-MS is a rapid, reliable and low cost per test system, it can be considered suitable for routine use in laboratories.

Keywords: Candida; strain identification; MALDI TOF-MS; molecular sequence analysis, Phoenix� Yeast ID Panel.

Geliş Tarihi (Received): 09.10.2018 - Kabul Ediliş Tarihi (Accepted): 27.01.2019

GİRİŞ

Candida t�rleri insanların sindirim sistemlerinde ve mukoz membranlarında normal flora �yesi olarak bulunan maya t�r� mantarlardır1. Candida cinsine ait 150'den fazla t�r bulunmasına rağmen, bunların �ok k���k bir kısmı insanlarda enfeksiyon etkeni olarak rol oynamaktadır. İmm�n sistemi baskılanmış olan transplant, hematolojik malignansi, kazanılmış imm�n yetmezlik sendromu (AIDS) olan hastalar ile birlikte, geniş spektrumlu antibiyotik ve antikanser ila�ların, santral ven�z kateterlerin kullanımındaki artış fırsat�ı mantarların ortaya �ıkmasına katkıda bulunan en �nemli fakt�rler arasındadır2,3. Klinik �rneklerden sıklıkla izole edilen Candida t�rleri; Candida albicans, Candida guilliermondi, Candida krusei, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Candida kefyr, Candida lusitaniae, Candida dubliniensis ve Candida glabrata'dır4.

Candida t�rlerinin tanımlanmasında rutinde mikroskobik ve morfolojik �zelliklerinin incelenmesi ve substrat asimilasyonunun değerlendirilmesine dayanan bazı y�ntemler kullanılmaktadır. Bu y�ntemler olduk�a uzun zaman gerektiren ve rutin laboratuvarda iş y�k�n� arttıran y�ntemlerdir. Bu nedenle daha kısa s�rede sonu� veren, uygulaması daha kolay olan �eşitli ticari sistemler geliştirilmiştir5. "Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI TOF-MS)", k�tle spektrometresiyle protein parmak izi tanımlanması olup Candida izolatlarının t�r tayininde y�ksek başarıya ulaşmıştır6. Molek�ler dizi analizi y�ntemi, g�venilirliği nedeniyle referans olarak kullanılan bir y�ntemdir. Ancak, uygulama ve değerlendirmedeki g��l�kleri, y�ksek maliyeti ve zaman alıcı olması gibi dezavantajları rutin laboratuvarlarda kullanımını g��leştirmektedir7,8. Candida t�rlerinde hızlı ve en doğru şekilde tanımlamanın yapılması, doğru antifungal tedavi uygulanabilmesi i�in �ok �nemlidir.

�alışmamızda, Candida t�rlerinin tanımlamasında altın standart y�ntem olarak DNA dizi analizi y�ntemi referans alınarak, tam otomatize tanımlama sistemi Phoenix� Yeast ID Panel (Becton Dickinson Diagnostics, ABD) ve MALDI TOF-MS (Bruker Daltonics, Almanya) sisteminin doğruluk oranlarının hesaplanması ve kullanılan t�m testlerin maliyet ve sonu� verme s�relerinin karşılaştırılması ama�lanmıştır.

GERE� ve Y�NTEM

Bu �alışma, Karab�k �niversitesi Tıp Fak�ltesi Girişimsel olmayan Klinik Araştırmalar Etik Kurulu onayı ile ger�ekleştirildi (Tarih: 02-05-2018 ve Karar no: 5/17).

�alışmaya, Temmuz 2016-Aralık 2017 tarihleri arasında, Karab�k �niversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına g�nderilen �eşitli klinik �rneklerde �reyen, Phoenix� Yeast ID Panel (Becton Dickinson Diagnostics, ABD) ile cins d�zeyinde Candida olarak tanımlanan 91 maya izolatı dahil edildi. Candida izolatları MALDI TOF-MS sistem ve molek�ler dizi analizi �alışılıncaya kadar %30 gliseroll� beyin kalp inf�zyon buyyon i�erisinde -20�C'de saklandı. T�m izolatlar, stok besiyerinden Sabouraud dekstroz agar (SDA)'a (Becton Dickinson, ABD) tek koloni ekim y�ntemiyle pasajlanarak 48 saat ink�be edildi. Uygulanan y�ntemler sonrasında elde edilen sonu�ların her biri, her bir y�ntem i�in ayrı araştırmacı tarafından kaydedildi.

Phoenix� Tam Otomatize Tanımlama Sistemi

Tam otomatize tanımlama sistemi Phoenix� Yeast ID Panel �retici firma �nerileri doğrultusunda kullanıldı. SDA besiyerinde �remiş olan saf kolonilerden alınarak Phoenix AST Buyyon i�inde 0.5 McFarland olacak şekilde inok�lum hazırlandı. Hazırlanan inok�lum panele eklenerek Phoenix cihazına y�klendi ve 16-18 saat sonra sonu�lar alındı.

MALDI TOF-MS

MALDI TOF-MS ile ger�ekleştirilen Candida tanımlamaları Bruker Microflex LT (Bruker Daltonics, Almanya) cihazında �retici firma �nerileri doğrultusunda yapıldı. Test edilecek Candida kolonisi 300 μl steril distile su i�ine konularak �zerine 900 μl etanol eklendi. Vortekslenip santrif�j edildikten sonra s�pernatan atıldı. İşlem bir kez daha tekrarlandı. ��kelti �zerine 50 μl %70 formik asit ��zeltisi eklendi. Bu karışım �zerine 50 μl asetonitril eklendi. Santrif�j yapıldıktan sonra 1 μl s�pernatan cilalanmış hedef tabla �zerine konuldu ve �zerine 2 μl matriks sol�syonu eklenerek havada kurutuldu. Hazırlanan hedef tabla cihaza y�klendi. MALDI Biotyper 3.1 ile tiplendirme yapıldı. MALDI Biotyper skoru ≥ 2 olanlar t�r d�zeyinde g�venilir tanımlama sınırları i�inde, skoru ≥ 1.7 ve < 2.0 olanlar ise cins d�zeyinde g�venilir tanımlama sınırları i�inde değerlendirildi. �alışılan t�m mayaların skoru ≥ 2 olarak bulundu.

Molek�ler Dizi Analizi

Candida �rnekleri, otomatik Fluorion� i12 N�kleik Asit İzolasyon Sistemi (Iontek, T�rkiye) ile Fluorion� i12 N�kleik Asit İzolasyon Kitleri kullanılarak manyetik tanecik teknolojisi ile DNA izolasyonu ger�ekleştirildi. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), daha �nce tanımlanmış bir y�ntem temel alınarak; ITS1 forward 5'-TCC GTA GGT GAA CCT GCG G-3' ve ITS4 revers 5'-TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC-3' (Iontek, T�rkiye) primerleri ile ger�ekleştirildi9. GelDoc cihazı ve Quantity One programı ile UV ışık altında g�r�nt�lendi. Jelde g�r�nt�lenen �rnekler, dizileme işlemine sokuldu. �rnekler ABI Prism 310 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, ABD) cihazı ile ABI PRISM� BigDye Terminator Cycle Sequencing Kit kullanılarak dizilendi. Elde edilen DNA dizileri "National Center for Biotechnology Information" BLAST sistemi kullanılarak tanımlandı.

Molek�ler dizileme y�ntemi altın standart y�ntem olarak kabul edilerek elde edilen sonu�lar MALDI TOF-MS ve Phoenix� Yeast ID Panel y�ntemlerine ait sonu�lar ile Candida t�r tanımlamasında doğruluk �l��t�ne g�re karşılaştırıldı. Doğru tanımlamanın yanı sıra testlerin maliyeti ve sonu� verme s�releri �alışılan �� y�ntem i�in karşılaştırıldı.

BULGULAR

�alışmamıza 53 idrar, 25 kan, sekiz endotrakeal aspirat, �� bronkoalveoler lavaj ve iki balgam �rneğinde �reyen, Phoenix� Yeast ID Panel değerlendirmesi ile Candida t�r� olduğu belirlenen 91 maya izolatı dahil edilmiştir. Kanlı agar (Becton Dickinson, ABD) veya SDA besiyerlerinde �reyen ş�pheli maya kolonileri saf ise doğrudan �alışmaya alınmıştır. Karışık �remelerde ise gentamisin/kloramfenikoll� SDA besiyerine pasajlanarak �oğaltıldıktan sonra tanımlama yapılmıştır.

�alışmaya dahil edilen 91 Candida izolatından elde edilen DNA dizi analizi sonu�larına g�re; 24'� C.albicans, 20'si C.tropicalis, 16'sı C.parapsilosis, 13'� C.glabrata, yedisi C.kefyr, altısı C.krusei, ikisi C.dubliniensis, ikisi C.guilliermondi ve biri C.lusitaniae olarak tanımlanmıştır. Altın standart y�ntem olarak kabul ettiğimiz DNA dizi analizi sonu�ları referans alınarak, Phoenix� tam otomatize tanımlama sistemi ve MALDI TOF-MS doğruluk �l��t�ne g�re karşılaştırıldığında Phoenix� tam otomatize tanımlama sistemi i�in bu oran %92.3, MALDI TOF-MS i�in ise %97.8 olarak tespit edilmiştir (Tablo I).


Tablo I

�alıştığımız �� tanımlama y�nteminin cihaz maliyeti hari� test başı maliyetleri ve SDA agarda saf olarak �retildikten sonraki sonu�lanma s�releri karşılaştırılmıştır. Molek�ler dizi analizi sonu�ları 12 saat sonra elde edilmiş ve test başı maliyeti 100 TL olarak belirlenmiştir. Phoenix� Yeast ID Panel sonu�ları 16-18 saat sonra belirlenmiş ve test başı maliyeti 18 TL olarak saptanmıştır. MALDI TOF-MS sisteminde sonu�lar �� dakika sonra belirlenmiş ve test başı maliyeti 15 TL olarak bulunmuştur (Tablo II).


Tablo II

TARTIŞMA

Maya mantarlarından Candida t�rlerinin neden olduğu enfeksiyonlar son yıllarda giderek artan sıklıkta karşımıza �ıkmakta ve antifungal tedavinin doğru ve zamanında uygulanmaması mortalitede artışa neden olmaktadır3. Maya t�rlerinin doğru ve hızlı tanımlanması uygun antifungal tedavinin se�imi a�ısından �ok �nemlidir10. Candida enfeksiyonlarında ilk sırada C.albicans olmasına rağmen, antifungal tedaviye daha zor yanıt verdiği bilinen C.tropicalis, C.lusitaniae, C.krusei, C.parapsilosis, C.glabrata gibi albikans dışı Candida t�rlerinin g�r�lme oranı hızla artmaktadır11. Pfaller ve arkadaşlarının12 6.5 yıl s�ren k�resel �apta yapılan �alışmalarında, C.albicans dışı t�rlerin g�r�lme sıklığındaki artış �ok net olarak vurgulanmış, �zellikle seyrek rastlanan t�rlerdeki artışın %50'ye ulaştığı belirtilmiştir. Candida t�rleri arasında antifungallere duyarlılık a�ısından farklar g�r�lmektedir. C.krusei flukonazole doğal olarak diren�liyken, C.glabrata izolatlarında flukonazole, C.lusitaniae izolatlarında ise amfoterisin B'ye karşı duyarlılığın diğer t�rlere g�re daha d�ş�k olduğu belirtilmektedir4. Bu da tedavide kullanılacak olan antifungal se�imi i�in t�r tanımlamasının �nemini ortaya koymaktadır.

G�n�m�zde rutin laboratuvarlarda morfolojik ve biyokimyasal temele dayanan fenotipik tanımlama sistemleri yaygın olarak kullanılmaktadır. �alışmamızda değerlendirdiğimiz y�ntemlerden biri olan Phoenix� Yeast ID Panel, karbonhidrat asimilasyonunun yanı sıra enzimatik reaksiyonları da kullanan tam otomatize bir tanımlama sistemidir. Gayıbova ve arkadaşlarının13 yaptıkları �alışmada uzun s�redir rutinde kullanılan ve karbonhidrat asimilasyon temeline dayalı API ID 32C ile Phoenix� Yeast ID Panel'in uyumu değerlendirilmiş ve Phoenix� Yeast ID Panel'in daha kısa s�rede sonu� vermesi, sık izole edilen t�rlerde uyumun y�ksek olması ve maliyetinin daha d�ş�k olması nedeniyle rutin laboratuvarlarda kullanımının uygun olacağı kanısına varılmıştır. Bu nedenle �alışmamızda rutinde sıklıkla kullanılan Phoenix� Yeast ID Panel'i kullanmayı tercih ettik. Yapılan �alışmalarda14,15 Phoenix� Yeast ID Panel'in %90'ın �zerinde doğruluk ile tanımlama yaptığı bulunmuş olup �alışmamızda bu oran %92.3 olarak saptanmıştır. Saf k�lt�r plağından sisteme y�kleme yapıldıktan 16-18 saat sonra sonu� alınması ve �alışma i�in herhangi bir mikolojik deneyime gerek duyulmaması avantaj olarak g�r�lse de tek başına t�r tanımlamasında yeterli olmayacağı ve sonu�larının mısır unu/tween 80 (MT80) agarda yapılan morfolojik tanımlama ile desteklenmesi gerektiği d�ş�n�lm�şt�r. MT80 agarda yapılan değerlendirmenin mikolojik deneyim gerektirmesi ve uzun zaman alması rutin uygulamalarda dezavantaj olarak karşımıza �ıkmaktadır. �alışmamızda hata oranlarının C.albicans, C.tropicalis ve C.glabrata t�rlerinden kaynaklandığı g�r�lmektedir. Bu t�rler i�in MT80 agarda yapılan değerlendirme ile doğru tanımlama yapılabileceğini d�ş�nmekteyiz. Daha az g�r�len t�rler olan C.kefyr, C.krusei, C.dubliniensis, C.guilliermondi, C.lusitaniae'da ise Phoenix� sisteminin %100 doğru tanımlama yaptığı tespit edilmiş olsa da s�z konusu t�rlerdeki izolat sayımızın az olması buna neden olmuş olabilir. �zellikle az g�r�len t�rlerin sayıca y�ksek tutulduğu �alışmaların yapılmasının daha g�venilir sonu�lar vereceği d�ş�ncesindeyiz.

�alışmamızda MALDI TOF-MS sisteminin tanımlamada doğruluk oranı %97.8 olarak bulunmuştur. Literat�rdeki �alışmalarda da bizim �alışmamıza benzer sonu�lar elde edilmiştir. G�rkem ve arkadaşları6 %100, Marklein ve arkadaşları16 %96, Stevenson ve arkadaşları17 %99, Van Veen ve arkadaşları18 %97.5 oranında doğru tanımlama yapıldığını bildirmişlerdir. Ancak bu �alışmaların hi�birinde izolatların tamamına dizi analizi uygulanmamıştır. Bizim �alışmamızda ise t�m izolatlara altın standart y�ntem olarak kabul edilen DNA dizi analizi uygulanmıştır. Doğruluk oranlarının bu y�ntem temel alınarak yapılması nedeniyle sonu�larımızın daha g�venilir olduğu d�ş�ncesindeyiz. Bazı �alışmalarda �ncelikle, uygulaması kolay ve maliyeti daha d�ş�k olan y�ntemler karşılaştırılmış daha sonra uyumsuz olan az sayıdaki �rnek molek�ler �alışmaya alınmıştır19,20. Bizim �alışmamızda ise molek�ler dizi analizi, Phoenix� tam otomatize sistem ve MALDI TOF-MS sistemi �alışmaya dahil ettiğimiz t�m izolatlara uygulanmıştır. MALDI TOF-MS sisteminde cihaz maliyeti g�z ardı edildiğinde kullanılan test maliyeti olduk�a d�ş�k olup herhangi bir mikolojik deneyim gerektirmemesi ve sonucun dakikalar i�inde elde edilmesi b�y�k bir avantajdır. Ancak, cihaz maliyetinin y�ksek olması nedeniyle g�n�m�zde �rnek sayısı y�ksek olan ���nc� basamak hastanelerde MALDI TOF-MS sistemi kullanılabilmektedir. MALDI TOF-MS sistemi y�ksek duyarlılıklı, kolay, hızlı ve ucuz bir sistemdir21,22. Bu nedenle kullanımın yaygınlaştırılması uygun olacaktır.

MALDI TOF-MS sistemi ile yapmış olduğumuz tanımlamada C.kefyr; Kluvyeromyces marxianus, C.krusei; Issatchenkia orientalis, C.guillermondii; Meyerozyma gulliermondi, C.lusitaniae; Clavispora lusitaniae şeklinde t�r tanımlamaları tespit edilmiş olup s�z konusu izolatların aynı t�rler olmasına rağmen MALDI TOF-MS sistemi gibi y�ksek teknoloji kullanımı olan y�ntemlerin bilgi bankasından kaynaklandığı d�ş�n�lm�şt�r. Bu sistemin rutin laboratuvar kullanımına girmesiyle klinisyenler a�ısından oluşabilecek kafa karışıklığının �n�ne ge�ilmesi i�in sistemin bilgi bankasında mutlaka gerekli d�zenlemeler yapıldıktan sonra sonu� verilmelidir. Benzer bir durum molek�ler dizi analizinde de karşımıza �ıkmış olup yaptığımız �alışmada gerekli d�zenlemeler yapıldıktan sonra karşılaştırma yapılmıştır.

Dizi analizi, molek�ler y�ntemler i�inde en klasik olan ve g�venilirliği nedeniyle referans olarak kullanılan bir y�ntemdir. Ancak uygulama ve değerlendirmedeki g��l�kler, y�ksek maliyet ve uzun zaman alması gibi dezavantajları rutin laboratuvarlarda kullanımını g��leştirmekte ve daha �ok araştırma ama�lı olarak kullanılmaktadır7,8. Şahiner ve arkadaşlarının23 yaptıkları �alışmada hastaların hastanede yatış s�resi ve tedavileri sırasında uygulanan tanısal ama�lı testlerin maliyet-etkinlik durumları dikkate alındığında, molek�ler y�ntemlerin �zellikle epidemiyolojik araştırmalarda ve doğrudan klinik �rneklerde etkeni saptayabilen standardize edilmiş y�ntemler geliştirildiğinde tercih edilmesi gerektiği vurgulanmıştır. Olası bulaş kaynaklarının bulunması amacıyla izole edilen �rneklerin genotipik ilişkilerinin g�sterilmesi i�in yapılan molek�ler epidemiyolojik �alışmalarda �ok değerli sonu�lar elde edilmiştir24,25. Candida t�r tanımlaması amacıyla yapılan �alışmalarda altın standart y�ntem olarak molek�ler dizi analizi �alışmaları kullanılsa da y�ksek maliyeti nedeniyle kullanımı kısıtlı olmaktadır19,26. �zellikli hastalarda maliyet g�zetmeksizin doğrudan klinik �rnekten t�r tayininin yapılması doğru antifungal tedavinin başlanması a�ısından b�y�k �nem taşımaktadır27. DNA dizi analizi y�nteminin altın standart y�ntem olması, doğrudan klinik �rnekten �alışılabiliyor olması �ok b�y�k avantaj olmakla birlikte, maliyet, iş y�k�, teknik imkanlar ve deneyimli personel gerektirmesi nedeniyle g�n�m�zde rutin laboratuvar uygulamalarında kullanımı m�mk�n değildir.

Bazı Candida t�rlerinde antifungal diren� varlığı erken tedaviye başlama a�ısından t�r d�zeyinde tanımlamanın �nemini �n plana �ıkarmıştır. Bu a�ıdan bakıldığı zaman MALDI TOF-MS sisteminin diğer sistemlere g�re hızlı, g�venilir ve ucuz bir sistem olduğu g�r�lmektedir. Bu nedenle bu sistemin rutin laboratuvarlarda yaygınlaştırılarak kullanılması gerektiği d�ş�ncesindeyiz. Unutulmamalıdır ki, hastaya en kısa s�rede başlanacak olan doğru antifungal tedavi hem hastanın mortalite ve morbidite oranında azalma sağlayacak hem de gerekli maliyetlerin azalmasına neden olacaktır.

�IKAR �ATIŞMASI

Yazarlar bu makale ile ilgili herhangi bir �ıkar �atışması bildirmemişlerdir.

KAYNAKLAR

  1. Hazen KC, Singleton DR, Masuoka J. Influence of outer region mannosylphosphorylation on N-glycan formation by Candida albicans: Normal acid-stable N-glycan formation requires acid-labile mannosylphosphate addition. Glycobiology 2007;17(10):1052-60.
  2. Anaissie E. Opportunistic mycoses in the immunocompromised host: experience at a cancer center and review. Clin Infect Dis 1992;14(Suppl 1):S43-53.
  3. Pfaller MA, Diekema DJ. Epidemiology of invasive mycoses in North America. Crit Rev Microbiol 2010;36(1):1-53.
  4. Pfaller MA, Diekema DJ. Epidemiology of invasive candidiasis: a persistent public health problem. Clin Microbiol Rev 2007;20(1):133-63.
  5. Fenn JP, Segal H, Barland B, Denton D, Whisenant J, Chun H, et al. Comparison of updated Vitek Yeast Biochemical Card and API 20C yeast identification systems. J Clin Microbiol 1994;32(5):1184-7.
  6. Yaman G, Akyar I, Can S. Evaluation of the MALDI TOF-MS method for identification of Candida strains isolated from blood cultures. Diagn Microbiol Infect Dis 2012;73(1):65-7.
  7. Soll DR. The ins and outs of DNA fingerprinting the infectious fungi. Clin Microbiol Rev 2000;13(2):332-70.
  8. Lamaignere CG, Roillides E, Hacker J, M�eller FM. Molecular typing for fungi a critical review of possibilities and limitations of currently and future methods. Clin Microbiol Infect 2003;9(3):172-85.
  9. Fujita SI, Senda Y, Nakaguchi S, Hashimoto T. Multiplex PCR using internal transcribed spacer 1 and 2 regions for rapid detection and identification of yeast strains. J Clin Microbiol 2001;39(10):3617-22.
  10. Rex JH, Walsh TJ, Sobel JD, Filler SG, Pappas PG, Dismukes WE, et al. Practice guidelines for the treatment of candidiasis. Infectious Diseases Society of America. Clin Infect Dis 2000;30(4):662-78.
  11. Fridkin SK, Jarvis WR. Epidemiology of nosocomial fungal infections. Clin Microbiol Rev 1996;9(4):499-511.
  12. Pfaller MA, Diekema DJ, Rinaldi MG, Barnes R, Hu B, Veselov AV, et al. Results from the ARTEMIS DISK global antifungal surveillance study: A 6.5-year analysis of susceptibilities of Candida and other yeast species to fluconazole and voriconazole by standardized disk diffusion testing. J Clin Microbiol 2005;43(12):5848-59.
  13. Gayıbova �, Cilo B, Ağca H, Ener B. Comparison of Phoenix� TM Yeast ID Panel and API� ID 32C commercial systems for the identification of Candida species isolated from clinical samples. Mikrobiyol Bul 2014;48(3):438-48.
  14. Posteraro B, Ruggeri A, De Carolis E, Torelli R, Vella A, De Maio F, et al. Comparative evaluation of BD Phoenix� and Vitek 2 systems for species identification of common and uncommon pathogenic yeasts. J Clin Microbiol 2013;51(11):3841-5.
  15. Morgan M, Urquiza Y, Tracey J, Nwosu O. Comparative evaluation of the BD Phoenix� yeast ID panel and the Vitek2 colorimetric yeast identification card for identification of yeast isolated from clinical samples. American Society for Microbiology 112th General Meeting. June 16-19 2012, San Francisco. Abstract Book, P-1220. ASM Press, Washington DC.
  16. Marklein G, Josten M, Klanke U, M�eller E, Horre R, Maier T, et al. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry for fast and reliable identification of clinical yeast isolates. J Clin Microbiol 2009;47(9):2912-7.
  17. Stevenson LG, Drake SK, Shea YR, Zelazny AM, Murray PR. Evaluation of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry for identification of clinically important yeast species. J Clin Microbiol 2010;48(10):3482-6.
  18. Van Veen SQ, Claas ECJ, Kuijper EJ. High-throughput identification of bacteria and yeast by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry in conventional medical microbiology laboratories. J Clin Microbiol 2010;48(3):900-7.
  19. Erdem H, Erganiş S, Evren E, Aksakal F, �ağlar K, Kalkancı A. Comparative analysis of different methods used for the identification of Candida on species level. T�rk Mikrobiyol Cem Derg 2017;47(3):114-24.
  20. Kim TH, Kweon OJ, Kim HR, Lee MK. Identification of uncommon Candida species using commercial identification systems. J Microbiol Biotechnol 2016;26(12):2206-13.
  21. Croxatto A, Prod'hom G, Greub G. Applications of MALDI-TOF-MS mass spectrometry in clinical diagnostic microbiology. FEMS Microbiol Rev 2012;36(2):380-407.
  22. Dhiman N, Hall L, Wohlfiel SL, Buckwalter SP, Wengenack NL. Performance and cost analysis of matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry for routine identification of yeast. J Clin Microbiol 2011;49(4):1614-6.
  23. Şahiner F, Erg�nay K, �zyurt M, Ardı� N, Hoşbul T, Haznedaroğlu T. Hastane enfeksiyonu etkeni olarak izole edilen Candida suşlarının genotipik ve fenotipik olarak tanımlanması. Mikrobiyol Bul� 2011;45(3):478-88.
  24. Yucesoy M, Marol S, Ergon C. Genel cerrahi servisindeki hastalardan soyutlanan Candida suşlarının molek�ler epidemiyolojik izlemi. FLORA 2004;9(1):47-53.
  25. Cerik�ioğlu N, Ilki A, Bilgen H, Ozek E, Metin F, Kalaca S. The relationships between candidemia and candidalcolonization and virulence factors of the colonizing strains in preterm infants. Turk J Pediatr 2004; 46(3):245-50.
  26. Toraman ZA, Bulut Y, Yilmaz M, Ozdarendeli A.� Molecular identification of Candida albicans and Candida dubliniensis strains isolated from clinical samples. Mikrobiyol Bul 2005;39(2):199-204.
  27. Wellinghausen N, Siegel D, Winter J, Gebert S. Rapid diagnosis of candidaemia by real-time PCR detection of Candida DNA in blood samples. J Med Microbiol 2009;58(Pt 8):1106-11.

İletişim (Correspondence):

Dr. �ğr. �yesi El�in Kal �akmaklıoğulları,

Karab�k �niversitesi Tıp Fak�ltesi,

Balıklar Kayası Mevkii, Demir �elik Kamp�s�,

Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı,

78050 Karab�k, T�rkiye.

Tel (Phone): +90 505 805 9075,

E-posta (E-mail): drelcinkal@yahoo.com

Yazdır